تشخیص پیش از تولد بتا تالاسمی از طریق cffdna با تکنیک ngs و آنالیز rhdo

بتا تالاسمی یک گروه از اختلال های خونی ارثی با وراثت اتوزومی مغلوب است. موثرترین روش برای کاهش این بیماری ارثی، تشخیص پیش از تولد است. نمونه برداری تهاجمی جهت بررسی جنین با خطر سقط تقریبی یک درصد برای جنین همراه است. dna ی آزاد جنینی در پلاسما مادر، منبع بسیار خوبی از مواد ژنتیکی برای تشخیص های مولکولی پیش از تولد جنین است. (rhdo) relative haplotype dosage analysis که بر اساس هاپلوتیپ است، به عنوان یک کاربرد در تشخیص پیش از تولد امیدبخش است. هدف از این مطالعه، بررسی بیماری بتا تالاسمی از طریق تکنیکnextgeneration sequencing (ngs) با آنالیز (rhdo) است. در این مطالعه 5 زوج ناقل بتا تالاسمی (مینور) با روش amplification refractory mutation system polymerase chain reaction (armspcr) نسبت به موتاسیونg>a ivsiii تعیین ژنوتیپ شدند. طی حاملگی 10 سی سی خون از هر خانم باردار و همچنین نمونه ی بزاق از همسرانشان گرفته شد. نمونه ها به مرکز genoma ایتالیا جهت بررسی با تکنیک ngs ارسال شد. در نهایت نتایج بدست آمده با روش تهاجمی مقایسه شد. نتایج بدست آمده از تکنیک ngs با آنالیز rhdo بدون نیاز به آنالیز فرد مبتلا با بررسی بلوک های هاپلوتیپی دارای دقت و صحت 100 درصد است. نتایج حاصل از cellfree fetal dna (cffdna) طبق پروتکل کشوری برای بیماری بتا تالاسمی تایید شدند. از 5 نمونه ی جنینی بدست آمده از زوج های بالا که نسبت به موتاسیون ivsii1 g>a بررسی شدند، ا جنین مبتلا، 2 جنین نرمال و 2 جنین مینور بودند. حساسیت و ویژگی تست ngs 100 درصد بود و همچنین ارزش پیش بینی کننده مثبت و منفی 100 درصد بود. تعیین توالی هدفمند پلاسمای مادری برای nipd در بتا تالاسمی با استفاده از نرم افزار shapeit برای آنالیز rhdo میسر است. بنابراین می توان با استفاده از نرم افزارهای جدید در این زمینه بدون نیاز به اطلاعات سایر اعضای خانواده هاپلوتیپ والدین را تهیه کرد.

Prenatal diagnosis of β‐thalassemia through cffDNA by NGS technique and RHDO analysis

Betathalassemia is a group of inherited blood disorders with autosomal recessive inheritance. The most effective strategy is to reduce the incidence of this genetic disease, which can be accomplished by utilizing appropriate prenatal diagnosis in clinical practice. Aggressive biopsy during the pregnancy is associated with an abortion risk of approximately 1% for the fetus. Free fetal DNA in maternal plasma is an excellent source of genetic material for prenatal molecular diagnoses. Relative haplotype dosage (RHDO), a haplotype‐based approach, has shown promise as an application for noninvasive prenatal diagnosis. This study was conducted to investigate beta thalassemiain the fetus through maternal blood with NGS technique and RHDO analysis. Total of 5 betathalassemia carrier couples (minor) were genotyped by ARMSPCR for IVSIII G>A mutation. During the pregnancy, 10 ml of blood was collected from pregnant women, A sample of saliva was also taken from their Husbands. Samples were sent to the Genoma Center of Italy for NGS examination. Finally, results were compared with those of the invasion method.The results of NGS technique with RHDO analysis without having to analyze the affected person by haplotypic block analysis have 100% accuracy. The results with cffDNA were confirmed by invasive methods according to the national protocol for betathalassemia. A total of 5 fetal samples belong to above couples were genotyped for IVSIII G>A mutation, in which 1 fetus were affected, 2 fetus were normal and 2 fetus were carrier of betathalassemia. Sensitivity and specificity of NGS test were equal to 100% and 100% respectively. Also, positive and negative predictive values were obtained as 100% and 100%, respectively.Targeted sequencing of maternal plasma DNA for NIPD of beta thalassemia and using SHAPEIT software for RHDO analysis is feasible, proved that it is applicable to construct parental haplotypes without information from other family members.