الگوی ترجیح کدونی در ژن‌های متفاوت بیان شده بین دو زیر گونه گاو ( bos indicusوbos taurus )

الگوی ترجیح کدونی (cub)، به عنوان الگوی استفاده غیر تصادفی از کدون های مشابه که اسیدآمینه های مختلف را در ژنوم رمز گذاری می کنند، تعریف می شود که عوامل مختلفی از جمله جهش و انتخاب در شکل گیری آن ها موثر هستند و از آنجایی که این الگوها مرتبط با بیان و ترجمه ژن ها می باشند، می توان از آن ها در فرآیند انتخاب دام ها بهره جست. در این مطالعه به بررسی الگوی ترجیح کدونی ژن های متفاوت بیان شده ین دو جمعیت گاو هلشتاین و کلیستانی و ارتباط آن با بیان ژن پرداخته می شود. در این مطالعه، از نتایج آنالیز بیان ژن افتراقی دو داده rnaseq به ترتیب مربوط به ادغام 40 و 45 نمونه خون کامل از گاوهای ماده هلشتاین (bos taurus) و کلیستانی (bos indicus) استفاده شد. الگوی ترجیح کدونی بر اساس شاخص هایی ازجمله enc، gc3s، cai و gc برای ژن های متفاوت بیان شده بین این دو جمعیت گاو محاسبه شد. آنالیز ترجیح کدونی برای نواحی orf ژن های متفاوت بیان شده بین دو جمعیت هلشتاین و کلیستانی نشان داد که همبستگی بالایی بین مقادیر شاخص gc کل و gc3s وجود دارد. این موضوع حاکی از تاثیر مقدار gc و جهش به عنوان عامل مهم در ایجاد کدون های مختلف می باشد. هم چنین، همبستگی بین شاخص enc و gc3s نشان داد که جهش مهم ترین عامل در شکل گیری کدون ها بوده است. همبستگی بین شاخص cai، که عمدتاً برای پیش بینی سطوح بیان ژن به کار می رود، با شاخص enc نشان دهنده ارتباط بین الگوی ترجیح کدونی و بیان ژن بود. این مطالعه مقایسه ای بین نمونه هایی از دو زیرگونه گاو، به درک بهتر ساز و کارهای تکاملی شکل گیری الگوی ترجیح کدونی و نیز بررسی ارتباط آن با بیان ژن کمک می نماید.