مقایسه ترانسکریپتوم گیاه جو (hordeum vulgare l.) رقم افضل در پاسخ به تنش شوری با استفاده از تکنیک rna-seq

تنش شوری یکی از مهم‌ترین تنش‌های محیطی است که منجر به کاهش رشد و عملکرد گیاهان زراعی می‌شود. برای زنده ماندن در چنین شرایطی، گیاهان باید بتوانند به سرعت به تنش شوری پاسخ دهند. مطالعات مولکولی در گیاهان مختلف نشان می‌دهد که این مکانیسم شامل شبکه‌های پیچیده‌ای از تنظیم بیان ژن است. یکی از غلات مهم زراعی که به‌عنوان گیاهی متحمل به شوری در بین خانواده گندمیان شناخته می‌شود گیاه جو می‌باشد. این تحقیق به‌منظور مقایسه الگوی بیان ژن‌های پاسخ دهنده به تنش بلند مدت شوری در رقم افضل، یکی از ارقام مقام جو کشور، انجام شد. به‌منظور اعمال تنش شوری، از آب‌شور حاصل از nacl با ec حدود 12 دسی زیمنس بر متر برای آبیاری استفاده شد. rna گیاه جو با کیت trizol از گیاهان تحت تنش شوری و کنترل استخراج و سپس کتابخانه‌های cdna تهیه و توالی‌یابی با استفاده از پلت فرم illumina/hiseq انجام شد. تجزیه‌های rna-seq با استفاده از پکیج systempiper، انجام شد. نتایج مقایسه بیان ژن نشان داد پس از اعمال تنش شوری 683 ژن با fc >1.5 و fdr<0.05 به‌طور معنی‌داری تغییر بیان یافتند. تجزیه‌های بیوانفورماتیک نشان داد که ژن‌های تغییر بیان یافته در ارتباط با فرایندهای مختلفی هم‌چون تبادل آنیون، فعالیت آنتی‌پورترها، ترانسپورترهای یون سدیم، انتقال یون‌های فلزی توسط فعالیت حامل‌های ترانس ممبران، فعالیت گزارشگر ترانس ممبران و طیف وسیعی از آبشارهای کینازی و فسفاتازی می‌باشند. حجم زیاد اطلاعات به‌دست آمده در این تحقیق می‌تواند به‌عنوان منبع اطلاعاتی ارزشمند در مطالعات آتی به‌منظور دستورزی‌های ژنتیکی گیاه جو و تولید ارقام متحمل به شوری استفاده شد.