شناسایی ژنوتیپ‌های روتاویروسی در گردش در کودکان مبتلا به گاستروانتریت حاد کمتر و مساوی 5 سال بستری شده در بیمارستان

مقدمه و اهداف: شناسایی ژنوتیپ های روتاویروس در کودکان از نظر بالینی مهم است.  هدف از مطالعه حاضر تعیین تنوع ژنوتیپ‌های روتاویروس و ارتباط آنها با یافته های دموگرافیک و علائم بالینی کودکان بستری در بیمارستان است.روش کار: برای مشخص کردن ژنوتیپ های روتاویروس، نمونه های مدفوع روتاویروس-مثبت کودکان علامت دار در آذر 1399 الی اسفند 1400 وارد مطالعه شدند. استخراج rna از نمونه ها و سنتز cdna برای ژن های vp7 و vp4 طبق پروتکل استاندارد انجام شد. تعیین ژنوتیپ ها با استفاده از پرایمرهای اختصاصی انجام شد. توالی یابی و تجزیه و تحلیل بیوانفورماتیک برای تایید نتایج انجام شد. داده‌ها با استفاده از نرم افزار spss نسخه 20 و graphpad نسخه 9.5.0 تجزیه و تحلیل شد.یافته‌ها: از میان نمونه های بیماران مبتلا، سه ژنوتیپ به عنوان ژنوتیپ غالب در جامعه تحت بررسی تعیین شد. این نتایج رابطه معنی‌داری را میان فراوانی یک ژنوتیپ و تغییرات فصول (0/0077= p-value) و بین نوع ژنوتیپ ها، مدت بستری و شدت اسهال نشان دادند. در حالی که به طور معنادار با افزایش سن، انواع بیشتری از روتاویروس گروه a تعیین گردید، ارتباطی میان ژنوتیپ های شناسایی شده با جنسیت مشاهده نگردید (0/473 = p-value)  همچنین، هیچ ارتباطی بین نوع ژنوتیپ، شدت کم آبی و حضور یا عدم حضور تب وجود نداشت. نتیجه‌گیری: به طور کلی، نتایج این مطالعه تنوع نسبتا بالایی از ژنوتیپ‌های روتاویروس ها را در کودکان نشان داد. جهت تایید همبستگی های یافت شده بین برخی از ژنوتیپ ها و گروه های سنی، فصول، علائم بالینی و اثربخشی واکسن های موجود، مطالعات بیشتری مورد نیاز است.

detection of circulating rotavirus genotypes in hospitalized children ≤5 years of age with acute gastroenteritis

background and objectives: identification of rotavirus genotypes in children is clinically important. this study aimed to determine the spectrum of rotavirus genotypes and assess their correlation with demographic variables and clinical manifestations in hospitalized children. methods: to determine rotavirus genotypes, rotavirus positive stool samples of symptomatic children were included in the study between december 2019 and march 2020. rna extraction and cdna synthesis for vp7 and vp4 genes were performed following standard protocols. genotypes were determined using specific primers. validation of results was done through sequencing and bioinformatic analysis. data were statistically analyzed using spss version 20 and graphpad version 9.5.0.results: among the infected patients, three genotypes emerged as dominant in the studied population. the study demonstrated a significant correlation between genotype frequency and seasonal variations (p-value=0.0077), as well as between genotypes, hospitalization, and severity of diarrhea. while significantly more types of rotavirus group a were identified with increasing age, no correlation was observed between the genotypes and gender (p-value=0.473). furthermore, there was no significant association between genotype, dehydration rates, and the presence or absence of fever.conclusion: this study revealed a relatively high diversity of rotavirus genotypes in children. the findings suggest the need for further research to validate the identified correlations between certain genotypes and age groups, seasonal variations, clinical symptoms, and the efficacy of available vaccines.