molecular identification and phylogenetic study based on the fusion gene of newcastle disease virus isolated from broiler poultry farms in markazi province, iran

Newcastle disease (nd) is an economically significant and extremely spreadable viral illness affecting a wide variety of avian species. nd can rapidly spread within poultry farms and result in considerable economic losses for the global poultry industry. this disease is endemic in iran, and despite intensive vaccination efforts in the poultry industry, outbreaks of nd occur unexpectedly. this study aimed to isolate the newcastle disease virus (ndv) from poultry farms with breathing problems in markazi province, iran, and investigate the evolutionary relationship and molecular characteristics of the isolates during 2017- 2019. to this end, tissue samples (lung, brain, and trachea) were taken from 42 broiler farms exhibiting respiratory symptoms. the samples were inoculated into 9-11-day-old embryonated eggs, and the virus was isolated from 20 (47.6%) of the 42 farms. subsequently, rt-pcr was used to amplify partial fusion gene sequences from the new isolates. the amplified products were sequenced and compared phylogenetically to the standard pilot dataset (125 selected sequences) generated by the ndv consortium. as determined by phylogenetic analysis, all nine isolates belonged to subgenotype vii.1.1 of genotype vii and were highly similar to isolates from other parts of iran and china. moreover, all isolates possessed a polybasic cleavage site motif (112rrqkrf117), characteristic of virulent strains. furthermore, the present isolates shared a high nucleotide identity (96%) with viruses previously isolated from other provinces of iran, as determined by blast searches and multiple alignments. in addition, they shared a high degree of sequence similarity but were distinct from the existing ndv vaccines. therefore, the genetic dissimilarity between current vaccine strains and circulating ndvs must be considered in vaccination programs.

شناسایی مولکولی و مطالعه فیلوژنتیک بر اساس ژن همجوشی ویروس بیماری نیوکاسل (ndv) جدا شده از مرغداری های گوشتی استان مرکزی، ایران

بیماری نیوکاسل (nd) یک بیماری ویروسی مهم اقتصادی و بسیار قابل سرایت است که طیف گسترده ای از گونه های پرندگان را تحت تاثیر قرار می دهد. بیماری نیوکاسل در ایران بومی است و علیرغم تلاش های فراوان واکسیناسیون در صنعت طیور، شیوع بیماری nd به طور غیرمنتظره ای رخ می دهد. این تحقیق با هدف جداسازی ویروس نیوکاسل از مرغداری‌های دارای مشکلات تنفسی در استان مرکزی و بررسی رابطه تکاملی و ویژگی‌های مولکولی جدایه‌ها طی سال‌های 1396-1398 انجام شد. برای این منظور از 42 مزرعه جوجه‌های گوشتی که علائم تنفسی داشتند، نمونه‌های بافتی (ریه، مغز، نای) گرفته شد. نمونه ها به تخم مرغ های spf جنین دار 9-11 روزه تلقیح شدند و ویروس در 20 مزرعه (47.6%) از 42 مزرعه جدا شد. پس از آن، rt-pcr برای تکثیر توالی بخشی از ژن f جدایه های جدید استفاده شد. محصولات pcr توالی یابی شدند و از نظر فیلوژنتیکی با مجموعه داده های آزمایشی استاندارد (125 توالی انتخاب شده) تهیه شده توسط کنسرسیوم ndv مقایسه شدند. همانطور که توسط تجزیه فیلوژنتیک مشخص شد، هر 9 جدایه متعلق به زیر ژنوتیپ vii.1.1 ژنوتیپ vii بوده و شباهت زیادی به جدایه های ایران و چین داشتند. همه جدایه ها دارای یک موتیف پلی بازی (112 rrqkrf117) در محل برش بودند که مشخصه سویه های بدخیم است. علاوه بر این، مطالعات هم ترازی نشان داد که جدایه‌های حاضر شباهت نوکلئوتیدی بالایی (96%) با ویروس‌هایی که قبلاً از سایر استان‌های ایران جدا شده بودند دارند. همچنین آنها درجه بالایی از تشابه توالی را با یکدیگر داشتند اما شباهت کمتری به سویه های واکسن نیوکاسل موجود داشتند. بنابراین، تفاوت ژنتیکی بین سویه‌های واکسن فعلی و ویروس های نیوکاسل در گردش باید در برنامه‌های واکسیناسیون در نظر گرفته شود.