in silico analysis of a 29 kda echinococcus granulosus protoscolex protein (p29) as a vaccine candidate against cystic echinococcosis

Vaccination can be a key step in controlling hydatid cyst infection in humans and livestock in endemic areas of the disease. the aim of the present study was to determine some of the basal biochemical properties followed by prediction and screening of b-cell and mhc-binding epitopes of egp29 protein in silico. some of the basic physico-chemical properties along with antigenicity, allergenicity, solubility, post-translational modification (ptm) sites, subcellular localization, signal peptide, transmembrane domain, secondary and tertiary structures followed by refinement and validations were computationally determined for this protein. also, b-cell epitopes were predicted and screened using various web servers, while mhc-binding and ctl epitopes were predicted using iedb and netctl servers, respectively. the protein is a 238-residue, 27 kda molecule, with high thermotolerance (aliphatic: 71.81) and hydrophilicity (negative gravy). there were several glycosylation and phosphorylation sites in the sequence, without a transmembrane domain and signal peptide. moreover, several b-cell and mhc-binding epitopes were found in the egp29 protein, which could be further used in multi-epitope vaccines. in conclusion, results of the present study can be a promising sign for achieving effective approaches to the preparation of a multi-epitope vaccines against echinococcosis. so, it is necessary that the effectiveness of the protein and its epitopes be evaluated in vitro and in vivo.

آنالیز پروتئین 29 کیلو دالتون (p29) پروتوسکولکس اکینوکوکوس گرانولوزوس به عنوان یک کاندید واکسن علیه کیست اکینوکوکوزیس در شرایط سیلیکو (in silico)

واکسیناسیون می تواند گامی کلیدی برای کنترل عفونت کیست هیداتید در انسان و دام در مناطق اندمیک این بیماری باشد. مطالعه حاضر با هدف تعیین برخی از خواص بیوشیمیایی پایه و به دنبال آن پیش‌بینی و غربال‌گری اپی توپ‌های اتصالی به سلول b و mhc پروتئین egp29 در شرایط سیلیکو (in silico) انجام شد. برخی از خواص فیزیکی و شیمیایی پایه همراه با خصوصیات آنتی ژنی، حساسیت زایی، حلالیت، مکان های اصلاح پس از ترجمه (ptm)، مکان یابی درون سلولی، پپتید سیگنال، حوزه گذر غشایی، ساختارهای ثانویه و ثالثی و به دنبال آن محاسبه پالایش و اعتبارسنجی این پروتئین بررسی شد. همچنین، اپی توپ های سلول b با استفاده از سرورهای مختلف وب پیش بینی و غربالگری شدند، علاوه بر این اپی توپ های mhc-binding و ctl به ترتیب با استفاده از سرورهای iedb و netctl نیز پیش بینی شدند. این پروتئین یک مولکول 238 اسید آمینه ای، با وزن مولکولی 27 کیلو دالتون، دارای خاصیت تحمل درجه حرارت بالا (آلیفاتیک: 71.81) و آب دوستی (gravy منفی) است. در توالی آن دارای چندین محل گلیکوزیلاسیون و فسفوریلاسیون و بدون دامنه گذر غشایی (transmembrane) و پپتید سیگنال است. علاوه بر این، چندین اپی توپ متصل به سلول b و mhc در پروتئین egp29 یافت شد که می تواند برای تهیه واکسن های چند اپی توپی مورد استفاده قرار گیرد. بطورکلی، نتایج مطالعه حاضر می تواند نشانه امیدبخشی برای دستیابی به رویکردهای موثر برای تهیه واکسن چند اپی توپی علیه اکینوکوکوزیس باشد. لذا لازم است که کارآیی پروتئین و اپی توپ های آن باید in vitro و in vivo نیز مورد بررسی قرار گیرند.