detection of canine parvovirus type 2 by designing multiple methods and genetic characterization in iran

Canine parvovirus infection is the most highly infectious in dogs younger than six months. our study aimed to design and optimize an in-house pcr assay for rapid detection of parvovirus type 2 and compares it with real-time pcr and lamp assay and phylogenetic analysis. the virulence gene selected for the categories was vp2 for cpv-2. pcr products were cloned in ptz57r/t plasmid for preparation of positive control. determination of the specificity of primers was done with the negative control virus genomes, and the limit of detection was determined for the homemade pcr, real-time pcr, lamp, and to perform a phylogenetic study using partial vp2 gene sequences. added analysis of pcr products using agarose gel electrophoresis for the vp2 gene showed 485bp, and gapdh 900 bp bands, respective amplification using negative control genomes as template was negative. the least detectable copy number for the vp2 gene in a 25 µl pcr reaction equals 19 copies by homemade pcr, lamp, and real-time pcr 25 and 21 copies, respectively. the phylogenetic analysis for the five field sequences formed three distinct clusters. the in-house pcr has advantages such as high specificity, sensitivity, and the ability to detect major cpv-2 pathogens. this assay may replace the previous laboratory methods and work as an essential supplement to the more time-consuming assays. phylogenetic analysis is necessary for epidemiological studies to control and prevent disease.

تشخیص پاروویروس تیپ 2 با طراحی روش های مختلف و ژنتیکی برای اولین بار در ایران

پاروویروس های سگ یکی از مهمترین عوامل ایجاد عفونت در سگ های کمتر از 6 ماه می باشد. در این مطالعه هدف بر طراحی تکنیک و بهینه کردن تکنیکpcr برای تشخیص سریع پاروویروس تیپ 2 سگ و مقایسه با تکنیک های real time pcr و lamp و آنالیز فیلوژنتیک می باشد. ژن vp2 برای شناسایی cpv2 انتخاب گردید. محصولات pcr در پلاسمید ptz57r/t برای تهیه کنترل مثبت کلون شدند. تعیین ویژگی پرایمرها با ژنومهای ویروس کنترل منفی انجام شد همچنین کمترین میزان تشخیص برای pcr ، real time pcr ، lamp با استفاده از توالی ژن vp2 تعیین شد. تجزیه و تحلیل محصولات pcr با استفاده از الکتروفورز ژل آگارز برای ژن vp2 باند 485bp و gapdh 900 جفت باز انجام گردید و برای نمونه های کنترل منفی فاقد باند مورد نظر بود. حداقل تعداد کپی قابل تشخیص برای ژن vp2 در واکنش pcr 19 کپی ، lamp ،25 و real time pcr 21 کپی بود. تجزیه و تحلیل فیلوژنتیک برای پنج توالی ثبت شده ، سه خوشه مجزا را تشکیل داد. تکنیکpcr ، دارای مزایایی مانند ویژگی بالا، حساسیت و توانایی تشخیص پاتوژن cpv 2 است. این تکنیک ممکن است جایگزین روش های سنتی مورد استفاده در آزمایشگاه ها شود. تجزیه و تحلیل فیلوژنتیک برای مطالعات اپیدمیولوژیک برای کنترل و پیشگیری از بیماری ضروری است.