phylogenetic analysis of hemagglutinin gene and evaluation of the viral shedding of h9n2 avian influenza viruses using real-time rt-pcr in spf chickens

In recent years, the h9n2 influenza virus has been circulating widely in poultry farms causing extensive damage. the hemagglutinin (ha) genes of the two virus isolates of h9n2 subtype in specific pathogen-free chickens were studied to determine the shedding rate in the host’s oropharyngeal and cloacal routes and their genetic relationship. the sequence analysis and phylogenetic study of the samples were performed by comparing each isolate with other h9n2 isolates in the gene bank. in the present study, the chickens were inoculated with low pathogenic avian influenza virus (lpaiv) (a/chicken/iran/zmt-101/1998 [h9n2]) through the intranasal route. oropharyngeal and cloacal swabs were collected from the chickens within 1-10 days after inoculation. the rate of viral shedding was measured within the previous 10 days by the real-time reverse transcriptase polymerase chain reaction molecular technique. no clinical symptoms were observed during the experiment in the chickens. the results obtained from this technique showed that the main route of shedding for lpaiv was oropharyngeal areas (p<0.05). both isolates had a similar proteolytic r-s-s-r sequence at the cleavage site of the ha gene and contained glutamine (q) amino acid at position 226 of the ha receptor-binding site, indicating that these isolates were nonpathogenic. phylogenetic analysis demonstrated that both isolates belonged to the eurasian clade. the comparison of these isolates with other isolates in the gene bank showed that they had the greatest similarity with the isolates in clade 1 and the least homology with the isolates in clade 4.

آنالیز فیلوژنتیک ژن هماگلوتنین و ارزیابی انتشار ویروس آنفلوانزا طیور (H9N2) با روش Real Time RTPCR در جوجه‌های SPF

در چند سال اخیر ویروس آنفلوانزای H9N2 به طور وسیعی در مزارع طیور در حال گردش بوده و خسارات وسیعی ایجاد کرده است. ژن­های HA دو جدایه ویروس تحت تیپ H9N2 از مرغ­های SPF جهت بررسی میزان انتشار ویروس آنفلوانزا در نواحی نای و کلواک میزبان و همچنین جهت تعیین ارتباط ژنتیکی، مورد مطالعه قرار گرفتند. آنالیز سکانس و مطالعه فیلوژنتیک این نمونه­ها از طریق مقایسه هر ایزوله با دیگر سویه های H9N2 موجود در بانک ژنی انجام گردید. در مطالعه حاضر ویروس LPAIV تحت تیپ ((A/chicken/Iran/ZMT101/1998(H9N2) به جوجه­ها از طریق مسیر بینی تلقیح شد. از روزهای اول تا دهم پس از تلقیح سواب هاب نای و کلواک جمع­آوری شد. میزان انتشار ویروس در طی ده روز با روش واکنش زنجیره­ای پلیمراز Real Time Reverse اندازه­گیری شد. در طی آزمایش هیچ­گونه علائم و نشانه­هایی از بیماری در میزبان دیده نشد. نتایج حاصل نشان داد که مسیر اصلی انتشار ویروس LPAIV از ناحیه نای می­باشد (p < 0.05). هر دو این جدایه­ها در ناحیه برش ژن HA دارای توالی مشابه پروتئولیتیکی RSSR بودند، همچنین در موقعیت 226 بخش اتصال رسپتور دارای اسید آمینه Q (گلوتامین) بودند که نشان می­دهد این جدایه­ها از نوع غیربیماری­زا می­باشند. آنالیز فیلوژنتیک نشان داد که هر دو جدایه متعلق به زیر شاخه اوراسیایی می­باشند. مقایسه این جدایه­ها با سایر جدایه­های موجود در بانک ژنی مشخص کرد که بیشترین میزان مشابهت را با ایزوله­های قرار گرفته در زیر شاخه شماره 1 دارند و کمترین میزان همولوژی را با ایزوله­های موجود در زیر شاخه 4 دارند.