genetic and antigenic evaluation of foot-and-mouth disease virus type a in the endemic area of iran within 2014-2015

The foot-and-mouth disease virus (fmdv) with a wide variety of genomes and complicated biology is one of the infectious agents that put the lives of animals at risk. therefore, to introduce suitable strains for vaccine production, it is essential to constantly evaluate genetic changes of circulating viruses in field. within 2014- 2015, a total of 126 clinical specimens consisting of epithelial tissue and vesicular fluid from tongue, dental pad, and hoofs suspected of fmd virus were submitted to the reference laboratory for fmd in razi vaccine and serum research institute, and 86 of them were identified as fmd virus type a using sandwich enzyme-linked immunosorbent assay (elisa). this virus was isolated from 42 samples from 16 provinces using cell culture. firstly, the coding region that produces the main part of viral capsid was amplified by polymerase chain reaction (pcr). this part of the genome by 800 bp length was related to the 1d gene that synthesizes the vp1 protein. the phylogenetic analysis of vp1 coding region determined two distinct genotypes with more than 15% nucleotide differences. the first cluster consisted of closely related viruses registered in the genebank of neighboring countries, including afghanistan, pakistan, and turkey. all samples in cluster1 were determined as relative viruses with genotype iran-05. in-vitro serological examination indicated an antigenic relationship between cluster 1 viruses and routine vaccine strain (a-irn-2013). the second cluster with only two members was genetically far from earlier ones and could be considered a separate genotype. furthermore, it was revealed that cluster 2 has not been previously reported in iran. genetic tracing indicated that these viruses might have been originated from circulating viruses from india. antigenic evaluation exhibited that this group could not be cross-protected by the routine vaccinal strain (a-irn-2013) used during the research period.

ارزیابی تغییرات ژنتیکی و آنتی ژنیکی ویروس تب برفکی تایپ A در کانون‌های بیماری در ایران طی سال‌های 2014 الی 2015

ویروس تب برفکی یک عامل عفونی است که به طور جدی سلامت و آسایش دام­ها را تهدید می­کند. این ویروس از ژنوم بسیار متغییر و بیولوژی پیچیده برخوردار است. به همین دلیل بررسی مستمر تغییرات ژنتیکی سویه­های موجود در فیلد جهت معرفی سویه­های مناسب تولید واکسن ضروری است.در طی سال­های 2014 تا 2015، تعداد 126 نمونه مشکوک به ویروس تب برفکی به آزمایشگاه مرجع تب برفکی ارسال گردید. از بین آنها 86 نمونه با انجام روش  الیزا تایپAتشخیص داده شد. این ویروس از 42 عدد از نمونه­های ارسال شده از 16 استان توسط کشت سلول جداسازی گردید. ابتدا توسط واکنش زنجیره­ای پلیمراز ناحیه کد کننده ایی که مسئول تولید بخش اصلی کپسید ویروس میباشد تکثیر داده شد. این قسمت مربوط به ژن 1D به طول 800  باز بود که مسئول ساخت پروتئین VP1 می باشد. در این مطالعه ارزیابی فیلوژنتیکی نمونه­ها توسط آنالیز توالی ژن1Dصورت پذیرفت. نتایج حاکی از وجود دو ژنوتایپ متمایز با تفاوت نوکلوتیدی بیش از 15% بود. دسته اول با ویروس های ثبت شده از کشورهای همسایه نظیر افغانستان، پاکستان و ترکیه همگروه بود. تمامی نمونه­های موجود در این گروه قرابت ژنتیکی با ژنوتایپ  Iran05 داشت. بررسی­های سرولوژیک نمایانگر ارتباط آنتی ژنیکی دسته اول با ویروس واکسینال AIRN2013 بود. در این مطالعهمشخص شد که گروه دوم برای اولین باراز ایران گزارش شده است. بررسی های ژنتیکی نشان داد که احتمالا اعضاء این گروه از ویروس­های در حال گردش در هند منشاء گرفته است. آزمایشات نشان داد که ویروس های این دسته با سویه واکسینال (AIRN2013) مورد استفاده در زمان این پژوهش تشابه آنتی ژنیکی ندارد.