phylogenetic analysis of bor gene in an escherichia coli strain x1378 (o78:k80) isolated from an avian colibacillosis case in tehran, iran

Colibacillosis is known as a fatal bacterial disease resulting in a high level of commercial loss worldwide. this study amid to elucidate the sequence, genetic characteristics, and phylogeny of the bor gene in escherichia coli (e. coli) strain x1378 (o78:k80) isolated from avian colibacillosis in iran and develop a rapid and optimal polymerase chain reaction (pcr) molecular-based technique with specific primers to detect this gene in e. coli. a virulent avian e. coli (i.e., laboratory designation e. coli strain x1378) isolated from a chicken with systemic colibacillosis from a broiler farm in tehran, iran, in 2004 was used as a source of the bor gene. after dna extraction, pcr method was used to amplify the bor gene. a 658 bp fragment of the bor gene was amplified, sequenced, blasted, and phylogenetically studied. the most similar sequences to the bor gene in e. coli strain x1378 were e. coli apec o78, enterobacteria phage hk630, and escherichia coli bw2952, respectively. there was a high similarity between the bor gene in e. coli bacteria with their phage and plasmid. moreover, a high similarity was observed between the bor and iss genes (approximately 92%) showing that they were homologous genes. in addition, the similarity analysis of different bacterial species, as well as their plasmid and bacteriophage, to the bor gene indicated that the highest similarity to o78:k80 was related to paracoccidioides brasiliensis, bacillus thuringiensis ct43 plasmid pbmb0558, and salmonella enterica subsp. enterica serovar kentucky strain cvm29188 plasmid, respectively. altogether, the results of the present study confirmed the presence of the bor gene in the studied isolates and clarified its sequence, phylogenetic relationship, and similarities of e. coli strain x1378 (o78:k80) isolated from avian colibacillosis.

تشخیص، توالی‌یابی و آنالیز فیلوژنی ژن bor در سویه 1378 باکتری اشرشیا کلی(O78:K80) جدا شده از کلی‌باسیلوز طیور در ایران

کلی­باسیلوز یک بیماری باکتریایی کشنده است که خسارات اقتصادی زیادی را در سراسر دنیا به بار می­آورد. این مطالعه با هدف تعیین توالی، ارزیابی خصوصیات ژنتیکی و فیلوژنی ژن bor در سویه x1378 باکتری اشرشیا کلی جدا شده از کلی­باسیلوز از یک فارم پرورش گوشتی تهران در سال 2004 و همچنین ایجاد یک روش سریع و بهینه بر پایه واکنش زنجیره­ای پلیمراز با پرایمرهای اختصاصی برای تشخیص این ژن در باکتری اشرشیا کلی انجام شد.سویه وحشی با حدت بالای باکتری اشرشیا کلی (سویه x1378) جدا شده از جوجه­های دارای کلی­باسیلوز سیستمیک در ایران به عنوان منبع ژن bor مورد استفاده قرار گرفت. پس از استخراج DNA، ژن bor با روش واکنش زنجیره­ای پلیمراز تکثیر شد. یک قطعه 658 جفت بازی از ژن bor تکثیر، توالی­یابی و مورد مطالعه فیلوژنی قرار گرفت. مشابه­ترین توالی با ژن bor باکتری اشرشیا کلی سویه x1378، به ترتیب Escherichia coli APEC O78، Enterobacteria phage HK630 و Escherichia coli BW2952 بود. تشابه توالی بسیار زیادی بین ژن bor  در باکتری اشرشیا کلیبا فاژ­ و پلاسمید آن­ها وجود داشت. همچنین، شباهت بسیار زیادی بین ژن bor و iss (نزدیک به 92%) نشان از همولوژی این ژن­ها داشت. افزون بر این، آنالیز تشابه بین گونه­های مختلف باکتری، پلاسمیدها و باکتریوفاژهای آن­ها با ژن bor نشان داد که بیشترین تشابه با O78:K80 به ترتیب مربوط به Paracoccidioides brasiliensis، پلاسمید Bacillus thuringiensis CT43 و پلاسمیدS. enterica subsp. enterica serovar Kentucky str .CVM29188 بود. به طور کلی نتایج این مطالعه نشان از وجود ژن bor در جدایه­ها مطالعه شده و همچنین توالی، ارتباط فیلوژنی و تشابه باکتری اشرشیا کلی سویه x1378 جدا شده از کلی­باسیلوز طیور در ایران را مشخص نمود.