بررسی داکینگ داروهای مجوزدار غیر ویروسی به‌منظور دست‌یابی به‌ مهارکننده‌های جدید ورود و تکثیر ویروس ابولا

زمینه و هدف: به دلیل قدرت و شیوع بالای عفونت زایی و عدم داروی مناسب ویروس ابولا طی سال های اخیر، پژوهش هایی در خصوص کشف و معرفی داروهای ضد ابولا انجام شده است. هدف از این پژوهش بررسی بیوانفورماتیکی مهار ورود و تکثیر ویروس ابولا توسط داروهای مجوزدار غیر ویروسی است.مواد و روش ها: این پژوهش به روش توصیفی تحلیلی انجام گرفت. برای انجام این بررسی بیوانفورماتیکی، در ابتدا ساختار شیمیایی ترکیبات با استفاده از نرم افزار chemdraw ultra10.0 ترسیم شد سپس به منظور بهینه سازی انرژی، به نرم افزار hyperchem8 انتقال یافت. مطالعات داکینگ به وسیله نرم افزار autodock4.2 انجام شد و در مرحله نهایی، مورد آنالیز و تجزیه وتحلیل قرار گرفت.نتایج: یافته های مطالعه حاضر نشان داد که پیوندهای درگیر در اتصال دارو با گیرنده ها، پیوند هیدروژنی، اتصالات هیدروفوبی،π-π و کاتیون -π می باشند. در میان تمام ترکیبات موردمطالعه، بهترین نتایج داکینگ مربوط به داروهای آمودیاکین، دیفنوکسیلات و کلروکینون است. در حقیقت این سه دارو با منفی ترین سطح انرژی اتصال تمایل بیشتری برای اتصال به اسیدهای آمینه جایگاه اتصال پروتئین های gp و vp40 دارند. ضعیف ترین نتایج داکینگ مربوط به دو داروی دیریترومایسین و اریترومایسین است زیرا هیدروفیلیسیته این دو دارو بسیار زیاد است. به طورکلی، وجود بخش های هیدروفوب، آمین نوع سوم و پیوندهای هیدروژنی بهینه باعث افزایش قدرت ضد ابولای داروها می شود.نتیجه گیری: بر اساس نتایج به دست آمده از مطالعات بیوانفورماتیکی، تمام داروها تاثیرات مهاری خوبی را در جایگاه اتصال گیرنده ها از خود نشان می دهند و می توانند به عنوان مهارکننده های موثر ورود و تکثیر ویروس ابولا مطرح شوند.

Molecular docking study of anti-viral FDA-approved drugs as novel entry and replication Ebola viral inhibitors

Background Objective: Because of the reported high ability of virulence and the lack of appropriate drug of Ebola virus during the last decades, many investigations have been accomplished regarding discovery and the introduction of antiEbola drugs. The aim of this research was the bioinformatical study of entry and replication of Ebola viral inhibition by drug repurposing.Materials Methods: It is a descriptiveanalytic study. In order to investigate the mode of interaction of the compounds with GP and VP40 binding sites, the chemical structures of all compounds were designed using ChemDraw program, then were transferred into Hyperchem software for energy minimization. Molecular docking simulation was accomplished using AutoDock 4.2 program.Results: Docking results revealed the hydrophobic, hydrogen bond, pi; pi; and pi;cation contacts were involved in the drugprotein interactions. Among all the studied drugs, the best docking results were related to Amodiaquine and Diphenoxylate drugs displayed. Actually, this compounds had the most negative Delta;Gbinding that indicated suitable modes and favorable interactions with the amino acid residues at the binding site of GP and VP40. The weakest docking results were exhibited for Dirithromycin and Erythromycin drugs due to the high hydrophilic character of them. In general, the presence of hydrophobic portions, tertiary amines, and optimal hydrogen bonds increases the strength of antiEbola medications.Conclusion: According to the results of the molecular docking, the entire FDAapproved drugs revealed a good inhibition effect on entry and replication Ebola viral