بررسی بیوانفورماتیکی ساختار و عملکرد سم لبستاتین جداشده از زهرمار ماکروویپریالبتینا

زمینه و هدف: لبستاتین، یک دیس اینتگرین پلی پپتیدی تک زنجیره ای متشکل از 107 آمینواسید است که از زهرمار ماکروویپریالبتینا جداسازی شده است. لبستاتین بااتصال به اینتگرین و مهار عملکرد آن، چسبندگی و مهاجرت سلول های اندوتلیال را خنثی کرده و اثر ضد رگ زایی دارد. هدف از انجام این پژوهش، بررسی برهمکنش این پپتید با اینتگرین و شناسایی اسیدهای آمینه ی مهم درگیر در این برهمکنش است.مواد و روش ها: با توجه به اهمیت لبستاتین در مهار چسبندگی و مهاجرت سلول های سرطانی؛ در این پژوهش ساختار سه بعدی این پپتید توسط سرور phyre2 شبیه سازی شده و با پپتیدهای مشابه مورد مقایسه قرار گرفت. در مرحله ی بعد، به منظور شناسایی مکانیسم دقیق عملکرد این پپتید، برهمکنش آن با زیرواحد اینتگرینی 1 α با استفاده از سرور z-dock بررسی شد. نتایج حاصل از این برهمکنش نیز با کمک نرم افزارهای chimera1.5.3 و spdbv آنالیز گردید.نتایج: نتایج حاصل از شبیه سازی لبستاتین نشان داد که این سم ازلحاظ ساختار، شباهت بسیاری زیادی با پروتئین های هم خانواده ی خود دارد. به علاوه بررسی های بیوانفورماتیکی نشان داد که ریشه های lys50، cys71 و tyr92 از لبستاتین و asp20، tyr17 و his118 از زیر واحد 1α از مهم ترین اسیدهای آمینه ی درگیر در برهمکنش این دو پروتئین هستند.نتیجه گیری: بررسی های بیوانفورماتیکی مورد استفاده در این پژوهش، سبب شناسایی اسیدهای آمینه ی مهم درگیر در برهمکنش میان لبستاتین و اینتگرین هدف آن گردید. این نتایج را می توان در طراحی و تولید مصنوعی پپتیدهای متفاوت و قوی تر برای مهار اینتگرین و درنتیجه مهار مهاجرت و رگ زایی سلول های سرطانی مورد استفاده قرار داد.