تجزیه بیوانفورماتیکی Estهای جداسازی شده از گیاه Aeluropus Littoralis تحت تنش شوری

کاربرد بیوتکنولوژی در اصلاح گیاهان زراعی نیاز به منابع ژنتیکی برای تحمل به شوری و پایداری عملکرد دارد. گیاه آلوروپوس لیتورالیس (aeluropus littoralis) مدل مناسبی برای پژوهش های ژنتیکی و درک مولکولی ساز و کارهای تحمل به شوری در تک لپه ای ها است. به خصوص این که درصد بالای همولوژی با ژن های برنج دارد. در این بررسی 150 est که تحت تنش شوری از گیاه آلوروپوس لیتورالیس جداسازی شده بود را از بانک های اطلاعاتی دریافت و بعد از حذف توالی های تکراری، عملکرد احتمالی و شباهت آن ها با داده های موجود در بانک داده ها بررسی شد. نتایج نشان داد که 71 est با توالی های پروتئینی موجود در بانک داده ها شباهت داشت و عملکرد آن ها نیز مشخص شد درحالی که 14 est با داده های موجود در بانک داده ها شباهت داشت اما عملکرد آن ها در بانک داده ها مشخص نبود و همچنین 7 est نیز با هیچکدام از پروتئین های موجود در بانک داده ها شباهت نداشته و عملکرد آن ها ناشناخته باقی ماند. نتایج هم ردیفی estهای بررسی شده از نظر عملکردی نشان داد که estهای ایزوله شده، در 19 گروه مختلف قرارگرفتند. 16 est در انتقال مواد (از گروه ژن های ترانسپورتر) در گیاه فعالیت داشته، 13 estها در گروه پروتئین های ریبوزومی بوده که در ساختار ریبوزوم و عمل ترجمه دخالت دارند. سایر estها نیز در فعالیت هایی از قبیل تنظیم فعالیت کانال های سلولی، ویرایش آر.ان.اِ و تقسیم سلولی دخیل هستند. در مجموع نتایج پژوهش نشان داد که با توجه به درصد بالای همولوژی آلوروپوس لیتورالیس با ژن های برنج در مقایسه با سایر گیاهان، مهندسی ژنتیک در این گیاه می تواند به تعیین تفاوت تحمل به شوری بین گیاهان گلایکوفیت و هالوفیت کمک کند.

Bioinformatical analysis of Isolated ESTs from Aeluropus littoralis under salinity stress

biotechnology needs the genetic resources to establish the sustainable tolerance to salinity stress in GMO plants. Aleluropus littoralis is known as a good model plant for understanding the genetic and molecular mechanism of salt resistance in monocots. This plant has a high genetical homology with rice. In this study, 150 ESTs were isolated from A. littoralis. Firstly, repeated sequences were eliminated and then the possible function and similarity of the remained ESTs were compared with other ESTs of different plants using international genetic databases. Results of this study showed that, 71 of the selected ESTs were similar to the ESTs in the databases and their function have been determined. Moreover, 14 ESTs were similar to the ESTs in the databases but their functions have not been determined yet. Seven ESTs did not show any similarity. Alignment analysis showed that the isolated ESTs were categorized in 19 different groups. 16 ESTs acted as a transporter, 12 ribosomal proteins and the other ESTs were related to channel transfer regulators, RNA editing and cell division. By the relatively high level of homology with rice genes, the genetic studies on Aleuropus could help in determining the differences in salttolerance between glycophyte and halophyte grass