شناسایی، همسانه سازی وتعیین توالی ژن Mt Nd2 در مرغ‌های بومی خراسان

میتوکندری مسئول تولید 90 درصد از انرژی مورد نیاز سلول می باشد. مقداری از تفاوت ها در عملکرد رشد جوجه های گوشتی و بیان فنوتیپی راندمان غذایی ممکن است مربوط به اختلاف در راندمان عملکرد میتوکندری باشد. این پژوهش بمنظور همسانه سازی و تحلیل مرغان بومی خراسان با تاکید بر ژن nd2 به منظور بررسی جهش های احتمالی است. بدین منظور از نمونه خون مرغ بومی خراسان، dna ژنومی استخراج گردید و با استفاده از آغازگرهای اختصاصی این ژن، واکنش زنجیره ای پلیمراز جهت تکثیر ژن انجام شد، محصول واکنش بر روی ژل آگارز الکتروفورز شد. باندهای حاصل با استفاده از ناقل خطی ptz57r/t در باکتری e. coli همسانه سازی و توالی یابی شد. مقایسه نوکلئوتیدی قطعه توالی یابی شده با ژنوم مرجع چهار جهش را نشان داد و شباهت 99% در 100% طول خود با توالی کامل ژنوم میتوکندری gallus gallus در توالی های ثبت شده میتوکندری طیور با شماره دسترسی x52392.1 (ژنوم مرجع)، gu261709.1، gu261712.1، ap006746.1، kf826490.1، hq857210.1 و ay235571.1 نشان داد. مقایسه پروتئینی نشان دهنده شباهت توالی حاصل با توالی های پروتئینی مربوط به ژن nd2 میتوکندری طیور در بانک اطلاعاتی بود به گونه ای که بیشترین شباهت، 100% در 100% طول خود متعلق به ژن nd2 در gallus gallus با شماره دسترسی bac57576.1 و کمترین شباهت متعلق به جنس ها و گونه های chrysolophus amherstiae با شماره دسترسی aaf65702.1 و tetrastes sewerzowi با شماره دسترسی abh01111.1 با 80% شباهت در 100% طول خود بود. همچنین توالی اسیدآمینه ای مرغ بومی خراسان با توالی مرجع و سایر توالی ها با شماره مرجع yp272073.1، bad11115.1، np_006916.1، adb06584.1 و adw41566.1 شباهت 99% در 100% طول نشان داد. پس از تبدیل توالی نوکلئوتیدی بدست آمده به توالی اسیدآمینه ای، با توالی پروتئینی مرجع مقایسه شد. نتیجه این مقایسه تفاوت در یک اسیدآمینه را نشان داد. در اسیدآمینه 130 لوسین که اسیدآمینه ای غیرقطبی است به اسیدآمینه غیرقطبی متیونین تبدیل شد. جهش های مشاهده شده در این تحقیق از آنجایی که منجر به تغییر اسید آمینه شده است می توان به عنوان یک پایه در بررسی های اختلالات سوخت وساز و صفات تحت تاثیر ژن mtdna در مطالعات بعدی قرار گیرد

Indentifying, Cloning, and Determining the Sequence of MT-ND2 Gene in Khorasan’s Native Chickens

discovering the sequences of mitochondrion has made it possible to study the presence of controlling genes in this organelle. Mitochondrion is responsible for producing 90 percent of the energy that the cell needs. Some differences in the broiler chicken growing function and the resulting phenotype and food efficiency may be related to differences in mitochondrion function. The aim of this study was to clone and to analyze the ND2 gene among Khorasan rsquo;s native chickens in order to investigate possible mutations. To this end, genomic DNA was extracted from blood sample taken from this population. Then, using ND2 specific primers, PCR was conducted in order to multiply this gene. The PCR product was cloned into pTZ57R/T linear vector and sequenced. Comparison between the sequenced fragments and the registered gene revealed four mutations. A similarity of 99% was observed between them and the complete mitochondrial genome sequence of Gallus gallus with the accession numbers of X52392.1 (reference), GU261709.1, GU262712.1, AP006746.1, KF826490.1, HQ857210.1, and AY23557.1. Comparison between proteins showed that the resulting sequence was similar to protein sequences related to mitochondrial ND2 gene of the poultry in the data bank. The maximum similarity (100% similarity) was with the ND2 gene in Gallus gallus with the accession number of BAC57576.1. The minimum similarity (88% similarity) was with the ND2 gene in Chrysolophus amherstiae with the accession number of AAF65702.1 and Tetra stessewerzowi with the accession number of ABH01111.1. Also, the amino acid sequences of Khorasan rsquo;s native chicken had 99% similarity with reference sequence and other sequences with the accession numbers of YP272073.1, BAD11115.1, NP_006916.1, ADB06584.1, and ADW41566.1. After translating the obtained nucleotide sequence to the amino acid sequence, it was compared with the reference proteins sequence. The result of this comparison showed a difference in one amino acid. The amino acid Leucine 130 was changed to Methionine.