تجزیه و تحلیل پروتئوم عصاره پروتئینی باکتری xanthomonas citri subsp. citri با خاصیت محرکی بر روی گیاه آرابیدوپسیس

در حال حاضر پژوهش های وسیعی در موسسات پژوهشی در دنیا در حال انجام است که هدف آنها یافتن محرکهایی (الیسیتورهای) جدید از میکروارگانیسم ها و گیرنده های آنها از گیاهان می باشد. شناخت کامل این محرکها و گیرنده های مربوط به آنها، امکان استفاده از آنها جهت ایجاد گیاهان تراریخته مقاوم به بیمارگرهای گیاهی را امکان پذیر می سازد. با توجه به اینکه تولید اتیلن گیاه مدل آرابیدوپسیس تالیانا در واکنش به تیمار محرکهای میکروبی به شدت افزایش می یابد، در این مطالعه از آزمون سنجش اتیلن برای خالص سازی و بررسی پروتئین هایی با خاصیت محرک از باکتری (xcc) xanthomonas citri subsp. citri استفاده شد. برای این منظور عصاره پروتئینی این باکتری تهیه و خالص سازی شد و سپس نمونه خالص شده که در آزمون سنجش اتیلن خاصیت محرکی داشت، با استفاده از طیف سنجی جرمی متوالی مورد تجزیه و تحلیل قرار گرفت. حدود 60 پروتئین مختلف در نمونه مورد بررسی شناسایی شد که از بین موارد شناسایی شده تنها سه مورد از نظر جرم مولکولی و نقطه ایزوالکتریک مشابه محرک مشاهده شده در عصاره پروتئینی باکتری xcc بودند. این پروتئین ها عبارتند از cspa (پروتئین شوک سرمایی a)، csra (پروتئین تنظیم گر ذخیره کربن) و یک پروتئین ناشناخته فرضی محافظت شده که از خانواده پروتئینی duf1456 می باشد. با بررسی هایی که در نرم افزارهای sosui وpsortb صورت گرفت مشخص شد که این پروتئین ناشناخته فرضی قابل حل در آب بوده و هیچگونه توالی مرتبط با غشاء های باکتری را ندارد و بنابراین به احتمال زیاد جزء پروتئین های سیتوپلاسمی محسوب می شود.

Proteome analysis of Xanthomonas citri subsp. citri protein extract with elicitor activity on Arabidopsis thaliana

extensive research is currently going on in different research centers of the world to find new elicitors from microorganisms and their related receptors from different plants. Comprehensive knowledge about these elicitors and their cognate receptors could be used for development of transgenic plants displaying resistant against plant pathogens. As a crude protein extract of Xanthomonas citri subsp. citri (Xcc) has strong elicitor activity on Arabidopsis, in this study protein extracts of this bacterium were prepared and fractionated and a semipurified sample displaying elicitor activity was analyzed by LCMS/MS. About 60 different proteins were detected in the analyzed sample. Among the detected proteins, only three were similar to the elicitor activity observed in a protein extract of Xcc bacterium: cspA (cold shock protein A), csrA (carbon storage regulator protein A) and an unknown conserved hypothetical protein from the DUF1456 protein family. This protein is soluble in water and it has no bacterium membranetargeting sequence as determined by PSORTB and SOSUI analysis, suggesing with high probability that it is a cytoplasmic protein.