بررسی بیوانفوماتیکی ژن مقاومت به سویه آسیایی باکتری عامل بیماری میوه سبز مرکبات در گیاه گریپ فروت

بیماری میوه سبز مرکبات از جمله مهم ترین بیماری های باکتریایی مرکبات در مناطق جنوبی کشور است. با توجه به ماهیت بیماری، استفاده از ارقام مقاوم مناسب ترین راه کار در جهت مبارزه با این بیماری است. اخیرا، مطالعه جامع برهمکنش میزبانپاتوژن و شناسایی ژن های دخیل در این برهمکنش، نشان داد که در گریپ فروت متحمل به این بیماری، بیان یک ژن آنالوگ مقاومت متعلق به خانواده nucleotide binding site leucienrich repeats (nbslrr) افزایش می یابد. در این تحقیق جداسازی ژن (nbs552) با آغازگرهای اختصاصی از گریپ فروت به روش pcr صورت گرفت و در پلاسمید pgemt همسانه سازی شد. آنالیز توالی یابی نشان داد که چارچوب بازخوانی این ژن 171 جفت باز است و پروتئین با طول 57 اسید امینه را کد می کند. نتایج بررسی های بیوانفورماتیکی نشان داد که این ژن در بین گونه های گیاهی دارای توالی های حفاظتی بالایی است و احتمالا ترشح پروتئین nbs552 در غشاء پلاسمایی و ترشح خارج سلولی آن ناچیز است. هدف این مطالعه جداسازی و همسانه سازی ژن nbs552 از ژنوم گیاه گریپ فروت و تعیین مشخصات آن به منظور استفاده کاربردی در گیاهان است.

Isolation, cloning and bioinformatic study of a resistance gene against an Asian strain of citrus greening librobacter in grapefruit plant

c zwj;itrus greening disease is the most important bacterial diseases of citrus and is present in the southern region of Iran. Due to the nature of the pathogen, disease control is difficult. cDNAAFLP analysis shows that the expression pattern of NBSLRR (Nucleotide Binding Site LeucineRich Repeats) genes was upregulated in grapefruit plant interacting with Candidatus Leiberibacter aciaticus. In this study we have isolated the NBS552 gene from grapefruit by PCR and clone it by ligation of this product to pGEMT vector transformed E. coli bacteria. Sequencing analysis revealed an open reading frame for a gene of 171 bp that encodes a protein of 57 amino acids. Results of bioinformatic analysis showed that this gene contains regions that are conserved in different plant species. The NBS552 protein is associated with membranes and its extracellular secretion is low. The aim of this study was isolation and cloning of NBS552 genes from the grapefruit genome and characterization of the genes in view of their potential for practical use in plants.