ردیابی و تحلیل تبارزائی ویروس کوتولگی گوجه (prune dwarf virus) از درختان گیلاس استان خراسان رضوی

ویروس کوتولگی گوجه (prune dwarf virus, pdv) به‌عنوان یک عامل بیماری‌زا مهم در درختان گیلاس (prunus avium l.)، شناخته شده است و خسارت جدی به درختان هسته‌دار می‌رساند. در بهار سال 1401 نمونه‌برداری از مجموعه درختان باغ گیلاس ایستگاه تحقیقات گلمکان مرکز تحقیقات و آموزش کشاورزی و منابع طبیعی خراسان رضوی، انجام شد. نمونه‌های جمع‌آوری‌شده دارای علائم کوتولگی، میوه‌های لکه‌دار، کاهش رشد جوانه‌ها بودند و فاصله‌ی میانگره‌های شاخه نسبت به گیاهان سالم کمتر بود. برای ردیابی ویروس از آزمون رونویسی معکوس با پرایمرهای اختصاصی مبتنی بر ژن پروتئین حرکتی ویروس استفاده شد. قطعات 756 نوکلئوتیدی حاصل از الکتروفورز تکثیر شده پس از خالص‌سازی، ایزوله گلمکان توالی‌یابی شد. ترادف‌ به‌دست‌آمده با استفاده از بلاست در پایگاه ncbi با ترادف‌های موجود در بانک ژن مقایسه شد و بیشترین شباهت با جدایه بلغارستان (%7/99mt152176, ) و کمترین شباهت با جدایه هلند (%8/88hm021231, ) مشاهده شد. درخت تبارزائی بر پایه پروتئین حرکتی ترسیم شد و جدایه‌های pdv در دو گروه مجزا قرار گرفتند و جدایه‌ گلمکان در گروه i درخت فیلوژنتیک قرار گرفت. مقایسه توالی پروتئین حرکتی جدایه‌های ویروس نشان داد توالی‌های اسیدآمینه پروتئین حرکتی و دامنه اتصال به rna پروتئین حرکتی در میان ویروس کوتولگی گوجه بسیار حفاظت ‌شده است. در این پژوهش برای اولین بار توالی ویروس کوتولگی گوجه از ایران از باغ گیلاس در ژن‌بانک با رس‌شماره or541106 ثبت شد و تحلیل تبارزائی ویروس کوتولگی گوجه با تمرکز بر ژن پروتئین حرکتی بررسی شد.

detection and genetic analysis of prune dwarf virus from cherry trees in razavi khorasan province

prune dwarf virus (pdv) is a significant pathogen in cherry trees (prunus avium l.), causing serious damage to agricultural crops. in spring 2022, samples were collected from cherry orchards in golmakan, khorasan razavi province. the collected samples showed symptoms of dwarfism, spotted fruits, and young shoots with short internodes compared to healthy plants. to detect pdv in these samples, a reverse transcription polymerase chain reaction assay was used with specific primers targeting the movement protein of the virus. the amplified 756-nucleotide fragment was purified and sequenced. the obtained sequence was compared to available sequences in the gene bank using the blast tool in ncbi, and the highest similarity was observed with the bulgarian strain (99.7%, mt152176), while the lowest similarity was observed with the netherlands strain (88.8%, hm021231). a phylogenetic tree based on the movement protein was constructed, and the pdv strains were classified into two distinct groups, and the golmakan strain was placed within group i on the phylogenetic tree. further comparison of the movement protein sequences among the virus isolates showed that the amino acid sequences of the movement protein and the rna-binding domain of the movement protein are highly conserved among pdv isolates. in this research, for the first time, the sequence of pdv from iran was registered in the gene bank (or541106), originating from a cherry tomato garden. the phylogenetic analysis of pdv was conducted, with a specific focus on the movement protein gene.