ارزیابی تنوع ژنتیکی در لاین های هاپلوئید مضاعف شده کاملینا با استفاده از نشانگرهای رتروترانسپوزونی remap

ایران کشوری نیمه خشک و خشک می باشد و بیش از 70 درصد از زمین های کشاورزی آن دیم هستند. تا به حال گیاهی دانه روغنی مناسب با مناطق مختلف کشور معرفی نشده است. کاملینا (camelina sativa l.)، گیاهی دانه روغنی- دارویی از خانواده براسیکاسه، گیاهی کم توقع، با نیاز آبی-کودی پایین، مقاوم به انواع بیماری ها و پاتوژن های معمول و مناسب جهت کشت در تناوب غلات است. در این مطالعه تنوع ژنتیکی در 32 لاین هاپلوئید مضاعف شده کاملینا با استفاده از 11 آغازگر ترکیبی remap مورد ارزیابی قرار گرفت. هشت آغازگر نوارهای واضح و قابل امتیازدهی تولید کردند و در مجموع 74 قطعه تولید گردید که 59  قطعه (72%/79) چندشکل بودند. آغازگرهای irap1+p6 و irap1+p8 کم ترین تعداد نوار (چهار نوار) و آغازگر irap979+p4 با تولید 15 نوار، بیش ترین تعداد را تولید کردند. میزان چندشکلی آغازگرها از 69.23 درصد  تا %100 و میزان pic از 0.38 تا 0.41 متغییر بود. خوشه بندی بر اساس ضریب تشابه جاکارد، لاین ها را در شش گروه اصلی قرار داد. بر طبق تجزیه به مولفه های اصلی، دو مولفه اصلی اول در مجموع 21.51 درصد تغییرات را توجیه کردند که بیانگر پوشش مناسب نشانگرها در سطح ژنوم بود. بنابراین به نظر می رسد که نشانگر remap، با چندشکلی و توزیع بالا در سطح ژنوم کاملینا، یک نشانگر مناسب برای بررسی تنوع ژنتیکی در این گیاه می باشد.

evaluation of genetic variation in doubled haploid lines of camelina using remap retrotransposon markers

iran is an arid and semi-arid country and more than 70% of its agricultural lands are rainfed. so far, no oilseed plant suitable for different regions of the country has been introduced. camelina (camelina sativa l.) is an oily-medicinal plant of the brassicaceae family, a low-input plant, with low water-fertilizer requirements, resistant to a variety of common diseases and pathogens and suitable for cultivation in grain rotation. in this study, genetic variation of 32 doubled haploid lines of camelina was evaluated by using 11 remap primers. eight primers produced clear and scorable strips and totally, 74 bands were produced which 59 of them were polymorphic )79/72 %). irap1+p6 and irap1+p8 primers produced the lowest number of bands (4 bands) and irap979+p4 marker produced the most of bands (15 bands). the amount of primer polymorphism varies from 23.69% to 100% and the amount of pic varies from 0.38 to 0.41. clustering based on the jaccard similarity placed the lines in six main groups. according to the principal components analysis, the first two components contributed 21.51% of the variance, which indicated the appropriate coverage of the markers at the genome level. thus, it seems that the remap marker, with its high polymorphism and high distribution in the camelina genome, is a suitable marker for investigating the genetic diversity in this plant.