بررسی پروتئوم رقم متحمل به خشکی سویا با استفاده از روش دی متیل لیبلینگ

سویا یکی از مهمترین محصولات تجاری کشاورزی در سر‌‌‌تا سر دنیا است که تولید آن به دلیل آسیب‌های ناشی از تنش‌های محیطی محدود شده است. از جمله مهمترین تنش‌ها می توان به خشکی یا کمبود آب خاک اشاره کرد. در این تحقیق از یک نوع روش نشاندار کردن به نام isotope dimethyl labeling برای پروتئومیکس کمی و یا بررسی تغییرات پروتئینی مرتبط با پاسخ به تنش خشکی در دو رقم حساس و متحمل به خشکی سویا ، استفاده شد. با استفاده از تجزیه و تحلیل داده‌های حاصل از کروماتوگرافی مایع طیف سنجی جرمی lc-ms/ms، 17787 پپتید شناسایی شدند که از این تعداد، 874 پپتید (مربوط به 260 گروه پروتئینی) بعنوان تکرارپذیر و منحصر به فرد (non-redundant/ unique repeatable peptides) در رقم متحمل، که دارای تغییرات معنادار بیان در مقایسه با رقم حساس بودند تعیین گردیدند. همچنین یافته‌ها نشان داد که از میان این 260 گروه پروتئینی در رقم متحمل ، 142 (55%) گروه افزایش بیان و 118 (45%) گروه کاهش بیان نشان دادند. فعالیت و دومین‌های این پروتئین‌های دارای سطوح بیان معنی‌دار، با استفاده از تجزیه و تحلیل‌های gene ontology و interpro protein domain انجام و نشان داده شد که اکثر این پروتئین‌ها، در گروه‌های پروتئینی مرتبط با سوخت و ساز انرژی، فعالیت‌های فتوسنتزی، مهار گونه‌های فعال اکسیژن، فعالیت کانالی و انتقال مواد، تنظیم کنند‌‌ه‌ی بیان ژن و ترجمه، سوخت و ساز مشتقات قندی و مواد ارگانیک و کاتابولیک قندهای الکلی قرار دارند.

Analysis of Soybean Drought-Tolerant Cultivar Proteome Using Dimethyl Labeling Method

Soybean (Glycine Max (L.) Merr), like those maize, wheat, rice and cotton crops, is an important agricultural crop traded in the global commodity markets. the production of soybean has been curtailed by numerous harsh environmental stresses, especially drought, a water deficit state of soil. The isotopic dimethyl labeling was applied to study the proteomic changes associated with the drought responses of two contrasting soybean cultivars. A total of 874 nonredundant and repeatable peptides were identified among 17787 peptides in tolerant cultivar (these peptides changed significantly to compare with sensitive cultivar) by using MS/MS analysis which corresponding to 260 of protein groups. Among these 260 protein groups, there were 142 groups being upregulated in the droughttolerant cultivar under drought treatment and in contrast, there were 118 groups being downregulated by droughttolerant cultivar. InterPro protein domain enrichment and Gene Ontology were performed for functional analysis. According to the results most of these proteins are related to photosynthesis activity, energy metabolism, ROSscavenging activity, channel and transporter activity, gene expression and translation regulation, Carbohydrate derivative metabolic process, Organic acid and substance metabolic process and sugar alcohols catabolic process.