طراحی بیوانفورماتیکی واکسن علیه ویبریو کلرا با استفاده ازرویکرد معکوس

طراحی واکسن درگذشته تا به امروز براساس روش های کلاسیک صورت میگیرد که زمان بر، هزینه بر و دارای ملاحظاتی هستند، اما با کشف ژنوم و تعیین توالی ژن، روش های مدرنی برای طراحی واکسن ابداع شده که از جمله آن می توان به روش طراحی واکسن به روش معکوس اشاره کرد. در این پژوهش از سرور ncbi (orf finder) به منظور یافتن توالی های coding و برای مکان یابی پروتئین از سرور psortb استفاده شده و بررسی آلرژنیک بودن پروتئین از سرور algpred و به منظور پیش بینی اپی توپ خطی و فضایی از سرورهای lbtope - abcpred iedb cbtope disco tope 2.0 - iedb (ellipro) اپی توپ نهایی انتخاب شده و سپس تجزیه و تحلیل سازه پلی توپی را توسط سرور expasy (protparam) بررسی کردیم و در نهایت با سرور jcat توالی نوکلئوتیدی بهینه شده را بدست آوردیم. با استفاده از این روش 6074 چارچوب خوانش و همچنین 43 پروتیین سطحی و ترشحی شناسایی گردیده که در نهایت، 10 اپی توپ مناسب به عنوان کاندیدای واکسن قادر به ایجاد ایمنی در برابر طیف وسیعی از سویه ها می باشند، امید است که راه پیشرفت تولید این واکسن را بسیار آسان کنند.

Bioinformatics design of a vaccine against Vibrio cholerae using the reverse approach

Vaccine design from the past to the present is based on classical methods, which are time consuming, costly and have some risks, but with the discovery of the genome and gene sequencing, the modern methods for vaccine design have been developed, including Referred to the reverse method of vaccine design (vaccine polytop). In this study we used NCBI (ORF Finder) to find the coding sequences, PSORTb server to locate the protein, Algpred server to check the allergenicity of the protein and LBtope ABCpred IEDB CBTOPE servers Disco Tope 2.0 IEDB (Ellipro) to predict the linear and spatial epitopes. The final epitope was selected and then we analyzed the polypepe structure by ExPasy server (ProtParam) and finally obtained the optimized nucleotide sequence with JCat server. Using this method, 6074 reading frameworks as well as 43 surface and secretory proteins were identified, from which, finally, 10 suitable epitopes that are able to provide immunity against a wide range of strains were selected as a vaccine candidate. It is hoped that this will facilitate the development of this vaccine.