تجزیه و تحلیل تبارزائی و تنوع ژنتیکی ویروس پیچیدگی برگ زرد گوجه فرنگی در عراق براساس ژن v1

ویروس پیچیدگی برگ زرد گوجه فرنگی (tomato yellow leaf curl virus, tylcv) از مهمترین بیمارگرهای مناطق گرمسیری و نیمه گرمسیری است. طی سال های 1396-1395، تعداد 393 نمونه گوجه فرنگی دارای علائم بیماری پیچیدگی برگ زرد گوجه فرنگی از شش استان مختلف عراق جمع آوری شد. در آزمون ساندویچ دوطرفه الایزا (daselsa)، 55 نمونه (14 درصد) با آنتی بادی های اختصاصی tylcv واکنش مثبت نشان داد. پس از استخراج دی. ان. ا کل، آلودگی 21 (از 55) نمونه با واکنش مثبت در الایزا به tylcv با واکنش زنجیره ای پلیمراز (pcr) تایید و ژن پروتئین پوششی v1 16جدایه از ویروس با استفاده از جفت آغازگر اختصاصی تکثیر، همسانه سازی و تعیین ترادف شد. براساس همردیف سازی ترادف نوکلئوتیدی، بالاترین میزان یکسانی نوکلئوتیدی ژن پروتئین پوششی این جدایه ها (99.6 -94.1 درصد) با جدایه های این ویروس از کویت (kj830841) و عراق (jq354991) تعیین شد. در تحلیل تبارزایی براساس ترادف نوکلئوتیدی v1، جدایه های عراق، بدون ارتباط با منشا جغرافیایی، در دو گروه و چهار زیرگروه قرار گرفتند. شاخص های تنوع ژنتیکی براساس این ناحیه ژنومی ویروس حاکی از وجود تنوع ژنتیکی زیاد در زیرجمعیت های عراقی بود. نسبت جانشینی های نامترادف به جانشینی های مترادف pi(a)/pi(s) کمتر از یک (1>) این ژن، نشان دهنده تاثیر فشار انتخابی منفی روی آن می باشد. همچنین جریان ژنی کمی بین دو زیرجمعیت مرکزی و جنوبی عراق تعیین شد که نشان دهنده تمایز ژنتیکی جدایه ها در این نواحی از کشور می باشد. این مطالعه اولین پژوهش در خصوص بررسی پراکنش جغرافیایی و تنوع ژنتیکی tylcv در عراق می باشد. تعیین ترادف نوکلئوتیدی ژنوم کامل جدایه ها به منظور تعیین سویه ویروس ضروری می باشد.

Phylogenetic analysis and genetic variation of Tomato yellow leaf curl virus based on the V1 gene in Iraq

Tomato yellow leaf curl virus (TYLCV) is a supreme pathogen in tropical and subtropical areas. During 20142015, a total of 393 tomato samples showing Tomato yellow leaf curl disease (TYLCD) symptoms were collected from six different provinces of Iraq. In serological assays, 55 out of 393 samples (14%) reacted positively with TYLCVspecific antibodies .The presence of TYLCV was verified in 21 (out of 55 samples showing tomato yellow leaf curl disease) samples by PCR. Coat protein gene (V1) of 16 TYLCV isolates was amplified using specific primers and cloned. Nucleotide sequence of Iraqi TYLCV isolates V1 gene shared the highest nucleotide sequence identity of 94.199.6% in CP gene with Kuwait and Iraq isolates. In phylogenetic analysis based on V1 nucleotide sequences, Iraqi isolates were separated into two main groups and three subgroups, without correlation with geographical origin. Genetic diversity parameters based on V1 nucleotide sequences indicated a high genetic variability in Iraqi population of TYLCV. The proportion of nonsynonymous to synonymous nucleotide diversity was <1.0, indicating that this gene is under negative selection. A low gene flow was observed between southern and centric Iraq subpopulations, demonstrating genetic differentiation among Iraqi subpopulations. This is the first study dealt with distribution and genetic variation of TYLCV in Iraq. Full length viral genome sequencing of TYLCV isolates of Iraq is necessary to defferentiate virus strain(s) in Iraq.