شناسایی چندشکلی‌های تک نوکلئوتیدی بر روی ترانسکریپتوم گاو نژادخالص سیستانی و آمیخته‌ سیستانی با گاوهای هلشتاین، سیمنتال و مونت بیلیارد

مقدمه و هدف: آمیخته‌گری بین گاوهای بوس ایندیکوس با بوس تاِئوروس در منطقه سیستان ایران طی سال‌های اخیر و از طریق استفاده از اسپرم مایع، اسپرم منجمد و یا گاو نر خارجی انجام شده است. در خصوص اثرات برنامه‌های آمیخته‌گری در گاو سیستانی مطالعات اندکی در ایران وجود دارد. پژوهش حاضر، به منظور شناسایی چندشکلی‌های تک نوکلئوتیدی (snp) مبتنی بر داده‌های rnaseq در گاوهای نژاد خالص سیستانی و آمیخته‌های آن با سه نژاد گاوهای خارجی هلشتاین، سیمنتال و مونت بیلیارد انجام شد.مواد و روش‌ها: در این تحقیق، از داده‌‌های rnaseq مربوط به گاو نژاد خالص سیستانی، آمیخته سیستانی و هلشتاین، آمیخته سیستانی و مونت بیلیارد و آمیخته سیستانی و سیمنتال استفاده شد. به این منظور، در ابتدا از سیاهرگ دمی گاوهای نژاد خالص و آمیخته آن با هلشتاین، سیمنتال و مونت بیلیارد (4 تیمار و برای هر تیمار دو تکرار بیولوژیکی) در شرایط یکسان محیطی، تغدیه‌ای و مدیریتی واقع در مرکز اصلاح نژاد گاو سیستانی شهر زابل خونگیری شد.یافته‌ها: آنالیز شناسایی snpبر روی ترانسکریپتوم با استفاده از بسته نرم‌افزاری samtools انجام شد که به ترتیب منجر به شناسایی 152496، 177042، 134285 و 163362 جایگاه snp در گاوهای نژاد خالص سیستانی و آمیخته‌های آن با سه نژاد گاوهای خارجی هلشتاین، سیمنتال و مونت بیلیارد شد. در این مطالعه، ارتباط مستقیمی بین تعدادsnp ‌های شناسایی شده و طول کروموزوم‌ها وجود نداشت. همچنین 12 نوع snpشناسایی شد که چهار نوع جایگزینی نوکلئوتیدی عملکردی و هشت نوع جایگزینی نوکلئوتیدی غیرعملکردی بودند. متداولترین snp‌های شناخته شده، از نوع جایگزینی نوکلئوتیدی عملکردی بودند که در نژادخالص سیستانی 71/84 درصد، در آمیخته سیستانی و هلشتاین 72/65 درصد، در آمیخته سیستانی و سیمنتال 72/60 درصد و در آمیخته سیستانی و مونت بیلیارد 71/94 درصد وجود داشت. نتیجه‌گیری: در مجموع نتایج این مطالعه تایید نمود که فناوری rnaseqروشی موثر، اقتصادی و کارآمد برای شناسایی جایگاه‌هایsnp است و دلیل اختلاف تعداد snp‌های شناسایی شده در این مطالعه و مطالعات مذکور احتمالاً ناشی از تفاوت گونه‌ها، نژادها، نوع بافت مورد ارزیابی و سایر عوامل و فاکتورهای موثر در ارزیابی rnaseq نظیر تعداد نمونه‌ها می‌باشد.

The Single Nucleotide Polymorphisms (SNP) Discovery on Transcriptome of Pure Sistani and Cross-Breeding of Sistani and Holstein, Simmental and Monte Billiard Bulls

Extended AbstractIntroduction and Objective: Breeding between Indus cows and Taurus cows in the Sistan region of Iran has been done in recent years through the use of liquid sperm, frozen sperm, or foreign bulls. There are few studies in Iran on the effects of interbreeding programs on Sistani cattle. The present study was performed to identify mononucleotide polymorphisms (SNPs) based on RNASeq data in purebred Sistani cows and its crosses with three foreign breeds of Holstein, Simmental, and MonteBilliarde cows.Material and Methods: In this study, RNASeq data were used for pure Sistani, Sistani and Holstein, Sistani and Montebeliarde, Sistani and Simmental cattle. For this purpose, first of the tail vein of purebred cattle mixed with Holstein, Simmental, and MonteBilliarde. (4 treatments and for each treatment two biological replications) in the same environmental, nutritional, and managerial conditions located in the breeding center of Sistani cattle in Zabol. blood was drawn.Results: SNP discovery analysis was performed on transcriptome using SAMtools software package, which led to the discovery of 152496, 177042, 134285, and 163362 SNPs in pure Sistani breeds and its crosses with three foreign breeds of Holstein, Simmental, and Montebeliarde bulls. In this study, there was no direct relationship between the number of SNPs identified and the length of chromosomes. Also, 12 types of SNPs were identified, of which four types were transition and eight types were transversion. The most common known SNPs were transition which was 71.84% in pure Sistani, 72.65% in Sistani and Holstein, 72.60% in Sistani and Simmental, and 71.94% in Sistani and MonteBilliarde.Conclusion: Overall, the results of this study confirmed that RNASeq technology is an effective, economical, and efficient method for identifying SNP loci. Factors influencing RNASeq evaluation are such as the number of samples.