ارتباط چند شکلی تک‌ نوکلئوتیدی ناحیه اینترون (c2239t) ژن بتا4-دیفنسین با صفات تولید شیر و تعداد سلول های بدنی در گاوهای هلشتاین

مقدمه و هدف: دیفنسین ها پپتیدهای ضد میکروبی کوچکی هستند که نقش مهمی در ایمنی ذاتی به عهده دارند. از این رو، ژن های کدکننده آنها می توانند به عنوان نشانگر، در انتخاب به کمک نشانگرها، به بهبود صفت اقتصادی دام های اهلی کمک بسزایی کنند. از این رو، هدف از این تحقیق بررسی ارتباط بین چند شکلی تک نوکلئوتیدی جایگاه 2239 ناحیه اینترون ژن بتا4دیفنسین با صفات تولید شیر و تعداد سلول های بدنی در گاوهای هلشتاین بود. مواد و روش ها: برای این منظور، در مجموع تعداد 182 راس گاو شیری هلشتاین انتخاب و dna ژنومی استخراج شد. سپس، با استفاده از آغازگرهای مناسب قطعه ای به طول 393 جفت باز، در برگیرنده جهش جایگاه مورد نظر (از جایگاه 2100 الی2493 ژن بتا4 دیفنسین به شماره دسترسی af008307.1)، توسط تکنیک واکنش زنجیره پلی مراز تکثیر شد. سپس محصولات تکثیر شده از این ناحیه از اینترون ژن بتا4دیفنسین توسط تکنیک تفاوت فرم فضایی رشته های منفرد (sscps) و متعاقبا، تعیین توالی مورد بررسی قرار گرفت. برای بررسی ارتباط بین چند شکلی تک نوکلئوتیدی با صفات تولید شیر و تعداد سلول های بدنی از رویه مدل خطی عمومی (glm) نرم افزار sas (نسخه 9.1) استفاده شد.یافته ها: نتایج این پژوهش حضور سه الگوی متفاوت sscp در جمعیت مورد بررسی را نشان داد که نتایج تعیین توالی وجود چندشکلی تک‌نوکلئوتیدی جایگاه 2239 (جایگزینی c با t) در این ناحیه را تایید کرد. فراوانی ژنوتیپ‌های cc، ct و tt شناسایی شده بر اساس توالی های بدست آمده در جمعیت مورد مطالعه به ترتیب 79.0، 13.0 و 08.0 بود. ارتباط معنی داری بین ژنوتیپ جهش جایگاه 2239 ژن بتا4دیفنسین و صفات تولید شیر، درصد چربی، درصد پروتئین و تعداد سلول‌های بدنی در نمونه های مورد بررسی مشاهده نشد. اگرچه، تمایل نزدیک به معنی‌داری بین ژنوتیپ ها و مقدار تولید شیر مشاهده شد (1.0=p). میانگین تولید شیر و تعداد سلول‌های بدنی برای ژنوتیپ tt نسبت به ژنوتیپ‌های دیگر بیشتر بود در صورتی که ژنوتیپ های ct و cc به ترتیب کمترین تولید شیر و تعداد سلول های سوماتیکی را نشان دادند.نتیجه گیری: در این پژوهش، ارتباط معنی‌داری بین ژنوتیپ های شناسایی شده با صفات تولیدی شیر و تعداد سلول های بدنی مشاهده نشد ولی این ارتباط برای صفت مقدار تولید شیر روزانه تمایل به معنی‌داری نشان داد. همچنین نتایج نشان داد ژنوتیپ های tt و ct برای این جهش به ترتیب دارای بیشترین و کمترین مقدار تولید شیر بودند.

Association between Single Nucleotide Ppolymorphism (SNP) in the Intronic Region of (C2239T) B4-Defensin Gene with Milk Production Traits and Somatic Cell Count in Holstein Cattle

Extended AbstractIntroduction and Objective: Defensins are small antimicrobial peptides that play an important role in innate immunity. Therefore, their coding genes can be used as markers in selecting markers to help improve the economic quality of domestic animals. Therefore, the aim of this study was to investigate the relationship between C2239T SNP of the intron region of the beta4defensin gene with milk production traits and the somatic cell count in Holstein cows.Material and Methods: For this purpose, genomic DNA was extracted from 182 dairy cows. Then, using a suitable primer pairs, a 393 bp fragment from intron of bovine B4defensin sequence (2100 to 2493) was amplified by the polymerase chain reaction. Then, the amplified fragment was screened by single strand conformation polymorphism (SSCP) and DNA sequencing methods. The associations between genotypes of the SNP with SCC and milk production traits were analyzed using the GLM procedure of SAS (9.1).Results: A total of 3 distinct SSCP patterns (A, B and C) were observed which confirmed single nucleotide polymorphism (substitution of C to T) at position 2239 upon sequence analysis in the population. The frequencies of CC, CT and TT genotypes were 0.79, 0.13 and 0.08, respectively. No significant difference was observed between SNP genotypes and milk production traits and SCC. However, the genotypes were tended to associate with milk yield (p=0.10). The highest average milk yield and somatic cell count were found in the TT genotype, whereas the lowest ones for average milk yield and somatic cell count were CT a CC genotypes, respectively.Conclusion: In this study, no significant relationship was observed between the identified genotypes with milk production traits and the number of body cells, but this relationship showed a significant tendency for the amount of daily milk production. The results also showed that TT and CT genotypes for this mutation had the highest and lowest milk production, respectively.