بررسی شاخص‌های تنوع ژنتیکی در یک جمعیت از گاو هلشتاین با استفاده از نشانگرهای متراکم اسنیپ

کاهش میزان تنوع ژنتیکی و به تبع آن افزایش تجمعی میزان هم خونی از جمله عوامل تهدید کننده صنعت پرورش گاو شیری محسوب می شوند. هدف از پژوهش حاضر، ارزیابی شاخص های تنوع ژنتیکی (توزیع عدم تعادل لینکاژی، آماره هتروزیگوتی مشاهده شده و مورد انتظار، آماره fis، توزیع فراوانی آلل های نادر، میزان اتوزیگوتی و تجزیه به مولفه های اصلی) در گاو هلشتاین با استفاده از نشانگرهای متراکم اسنیپ بود. داده های ژنوتیپی متعلق به 25 گاو ماده هلشتاین حاصل از تراشه اسنیپ گاوی 50 هزارتایی، اهدایی از شرکت تجاری آلتادلتا ژنتیک تجزیه و تحلیل شد. محاسبات آماری شاخص های مولکولی مذکور از طریق نرم افزار معروف پلینک، نسخه 1/9تحت محیط r صورت گرفت. میانگین فراوانی آلل نادر (0/28)، میانگین فراوانی هتروزیگوتی مشاهده شده و هتروزیگوتی مورد انتظار به ترتیب (0/38، 0/37)، آماره شاخص تثبیت (fis) (منفی0/032)، آماره fhom(0/0328-) اندازه گیری شد. همچنین، نتایج تجزیه به مولفه های اصلی، تنوع و پراکنش معنی دار بالایی را نشان داد که تاییدی بر مطابقت و هم خوانی همه آماره های مولکولی اندازه گیری شده و بالا بودن میزان تنوع ژنتیکی اندازه گیری شده بود. از آنجایی که، شاخص roh، از اطلاعات توالی نوکلئوتیدی یکسان انتقال یافته به دو فرد حاصل می شود لذا، در مقایسه با شاخص fis، معیار آماری مناسب تری برای مطالعه میزان هم خونی، می باشد. نتیجه گیری نهایی این که، بکارگیری نشانگرهای متراکم اسنپ می تواند، ابزاری مناسب برای ارزیابی وضعیت تنوع ژنتیکی و هم خونی جمعیت های دامی محسوب شود.

Assessment of Genetic Diversity Within Holstein Population using Bovine SNP Chip Data

Historically, both significant decline of genetic diversity and simultaneously increasingly rate of inbreeding are two serious threaded factors in worldwide dairy industry. With this motivation, the aim of present report was to investigate the intra genetic diversity criteria (linkage disequribrium, observed and expected heterozygosity, Fis statistics, MAF distribution, autozygosity rate and population stratification using principal component analysis) in Holstein cattle population using dense markers. An Illumina Bovine 50k SNP Chip (V2) ready genotyped file for 25 Holstein cows obtained for further investigation. Here, we used Plink software for statistical analysis and measurement of molecular diversity indices. Observed outcomes results addressed average of MAF (0.28), mean frequency of observed and expected heterozygosity (0.38, 0.37), Fis statistic ( - 0.032), Fhom statistic (0.0280328. In addition, PCA graph showed a significant indicating high population diversity, which was in accordance with all other calculated parameters. As a final conclusion, highdensity SNP markers seems be as an accurate tool applicable for highprecision intradiversity analyses.