شناسایی جهش فقدان عملکرد p.r12x در جایگاه ژنی slc37a2 در گاوهای مونبلیارد و هلشتاین

هدف از پژوهش حاضر شناسایی جهش فقدان عملکرد p.r12x موثر بر مشکلات تولید مثلی و سقط جنین در ژن slc37a2 با روش های pcrsscp و توالی یابی در گاوهای هلشتاین و مونبلیارد بوده است. تعداد 250 نمونه خون (150 نمونه هلشتاین و 100 نمونه مونبلیارد) تهیه و استخراج dna با کیت انجام شد. یک جفت آغازگر اختصاصی با نرم افزارoligo7 طراحی شد که قطعه ای با طول 208 جفت باز از اگزون 2 ژن slc37a2 حاوی جهش p.r12x را تکثیر نماید. تعیین ژنوتیپ نمونه ها با روش sscp انجام و فراوانی های ژنی و ژنوتیپی و شاخصه های ژنتیک جمعیت با نرم افزارpopgen محاسبه شدند. در جایگاه slc37a2 دو ژنوتیپ aa و ab به ترتیب با فراوانی های 98.7 و 1.3 و 86 و 14 درصد به ترتیب در دو نژاد هلشتاین و مونبلیارد مشاهده شدند. همچنین فراوانی های آللی ژن slc37a2 در دو جمعیت هلشتاین و مونبلیارد برای آلل های a و b به ترتیب برابر با 99.3 و 0.7 و 0.93 و 0.7 برآورد شدند. تست دقیق فیشر و تست کایاسکوئر نشان داد که اختلاف آماری معنی داری از نظر فراوانی های آللی و ژنوتیپی بین دو جمعیت هلشتاین و مونبلیارد وجود دارد (0.05>p ). پس از تعیین ژنوتیپ، از هر ژنوتیپ دو نمونه به طور دو طرفه توالی یابی شدند و بررسی های بیوانفورماتیکی توالی های حاصل با نرم افزار bioedit انجام شد. نتایج نشان داد که در ژنوتیپ ab ژن slc37a2 در گاوهای هلشتاین و مونبلیارد جهش فقدان عملکرد (p.r12x) وجود دارد. با توجه به نقش جهش p.r12x در نقایص تولید مثلی و سقط جنین در گاو مونبلیارد می توان از نتایج این پژوهش مستقیما در برنامه های اصلاح نژادی جهت شناسایی دام های حامل و حذف آن ها در گله های تجاری و روستایی استفاده نمود.

Detection of Lack of Function Mutation of P.R12X in SLC37A2 Locus in Montbeliarde and Holstein Cattle

The aim of this study was to identify the lack of function mutation of p.R12X affecting reproductive problems and abortion in SLC37A2 gene by PCRSSCP and sequencing methods in Holstein and Montbeliarde cows, For this purpose, 250 blood samples (150 Holstein and 100 samples of Montbeliarde) were prepared and DNA was extracted by kit. A pair of specific primers was designed with Oligo7 software to amplify a fragment with length of 208 bp from exon 2 of the SLC37A2 gene, which contains mutation. Genotyping was done by SSCP method and allelic and genotypic frequencies and population genetic indices were calculated by POPGEN software. In SLC37A2 locus, two AA and AB genotypes with frequencies of 98.7 and 1.3, and 86 and 14% were observed in Holstein and Montbeliarde breeds, respectively. Also, SLC37A2 allelic frequencies in both Holstein and Montbeliarde for alleles A and B were estimated to be 99.3, 0.7 and 93 and 7%, respectively. The Fischerchr('39')s exact and Chisquare tests for comparing allelic and genotypic frequencies between two populations showed that there was a significant difference in allelic and genotypic frequencies between Holstein and Montbeliarde population (P <0.05). After genotyping, a sample of each genotype was sequenced in both end and the bioinformatics of the sequences obtained were performed with BioEdit software. The results showed that in the AB genotype of SLC37A2 gene in Holstein and Montbeliarde cows there was a lack of function mutation (p.R12X). Considering the role of p.R12X mutation in reproductive defects and abortion in Montbeliarde cattle, the results of this study can be directly used in the breeding programs to identify carrier animals and culling them from commercial and rural herds.