>
Fa   |   Ar   |   En
   بررسی عملکرد پروتئین‌های پیش بینی شده از داده‌های Rna-Seq در گاوهای نژاد هلشتاین و کلیستانی  
   
نویسنده قادری زفره ایی مصطفی ,ترابی آزاده ,اسماعیل پور محمد ,سلیم پور مینا ,بناءبازی محمدحسین
منبع پژوهشهاي توليدات دامي - 1399 - دوره : 11 - شماره : 28 - صفحه:121 -135
چکیده    پژوهش حاضر به منظور تعیین نیم‌رخ بیانی عددی ژن‌های متفاوت بیان شده در نژادهای هلشتاین و کلیستانی و همچنین بررسی عملکرد پروتئین‌های پیش بینی شده از ژن‌های متفاوت بیان شده بین دو نژاد مذکور با استفاده از داده‌های rnaseq انجام شد. در این مطالعه توالی کل mrna خون گاو ماده هلشتاین آمریکا و گاو ماده کلیستانی پاکستان از طریق هم ردیفی و مکان یابی خوانش های rnaseq روی ژنوم مرجع گاو بدست آمد و سپس تعیین نیم‌رخ بیانی عددی ژن‌های متفاوت بیان شده انجام شد. تعداد 24616 ژن و 26716 ایزوفرم روی ترانسکریپتوم این دو نژاد شناسایی شدند که از این میان تعداد 41 ژن شناسایی شدند که تفاوت بیانی بسیار بالا و معنی‌داری را نشان دادند (000015p<). ً حدود یک سوم ژن هایی که عملکردشان بین دو نژاد متغیر بود، کدکننده آنزیم های هیدرولاز و پنج مورد از پروتئین های پیش بینی شده از جمله پروتئین های عامل رونویسی fosb/jund، انکوژن fos ، ساختار elonginb، زیرواحد عامل رونویسی ap1، کمپلکس روی zif268 و عامل تنظیمیرونویسی u2af هستند که در تنظیم رونویسی و بیان ژن ها و ویرایش rna نقش دارند. بررسی میان کنش شبکه ای بین پروتئین‌های پیش بینی شده از ژن‌های متفاوت بیان شده نشان داد که پروتئین های پیش بینی شده در مسیرهای مختلفی مانند مسیر پیام دهی tnf، عفونت سالمونلایی، مسیر پیام دهی mapk و آرتریت روماتوئید دخالت دارند. همچنین بررسی ها نشان داد نژاد هلشتاین و کلیستانی به علت قرار گرفتن در شرایط محیطی متفاوت و فاصله تکاملی، توانسته اند با شرایط پیرامونی به خوبی سازگار شوند و این روند در سطح مولکولی از میزان بیان ژن های اختصاصی شناسایی شده در این پژوهش کاملاً قابل فهم است. از دلایل تاییدکننده این پیشنهاد می توان به نقش بیشتر سامانه ی ایمنی در نژاد کلیستانی اشاره نمود که به علت قرار گرفتن در محیطی با آلودگی بالاتر در مقایسه با نژاد هلشتاین، میزان بیان پروتئین های دارای خاصیت باکتریوسایدی (cathelicidin 1) در آن بالا رفته و در نتیجه فعالیت سامانه ی ایمنی در آن افزایش یافته است. همچنین در این پژوهش مشخص شد که ژن il1b بیشترین درجه تعامل ژندارو را با داروی canakinumab دارد. نتایج این پژوهش نشان می‌دهد که در مقایسه‌های بین نژادی، نگاه دقیق به فعالیت پروتئین‌هایی که توسط ژن‌های متفاوت بیان می‌شوند می‌توانند تفاوت نژادی در سطح ملکولی را بهتر توضیح دهند.
کلیدواژه گاو هلشتاین، ایزوفرم، شبکه برهم کنش پروتئینی، Rna-Seq
آدرس دانشگاه یاسوج, گروه علوم دامی, ایران, دانشگاه پیام نور مرکز تهران, گروه کشاورزی, ایران, دانشگاه تبریز, دانشکده کشاورزی و منابع طبیعی اهر, ایران, دانشگاه گیلان, دانشکده کشاورزی و منابع طبیعی, گروه علوم دامی, ایران, سازمان تحقیقات، آموزش و ترویج کشاورزی, موسسه تحقیقات علوم دامی کشور, بخش پژوهش‌های بیوتکنولوژی, ایران
 
 

Copyright 2015
Islamic World Science Citation Center
All Rights Reserved