بررسی تنوع ژنتیکی در ژن‌های خانواده dnmt در گاو‌های نژاد هلشتاین با تکنیک pcr-sscp

ژن‌های خانواده dna متیل ترانسفراز (dnmts) بواسطه نقش کلیدی در شکل‌گیری و ابقاء الگوهای اپی‌ژنتیکی، اهمیت بالایی در کنترل تکوین و رشد و نمو جنینی از مرحله لقاح تا دوران پس از تولد دارند. مطالعه حاضر به منظور شناسایی جهش‌های بالقوه در اگزون 33 ژن dnmt1، اینترون 4 ژن dnmt3a و اینترون 3 ژن dnmt3b و ارتباط آن‌ها با وزن تولد در گاو‌های نژاد هلشتاین صورت گرفت. خون گیری به طور تصادفی از تعداد 60 راس گاو هلشتاین دارای رکورد وزن تولد تا بلوغ از یک گاوداری صنعتی در استان کرمان انجام شد. استخراج نمونه‌های dna با استفاده از روش فنل کلروفرم انجام گرفت و جایگاه‌های هدف با استفاده از پرایمر‌های اختصاصی توسط واکنش‌های زنجیره‌ای پلیمراز (pcr) تکثیر شدند. به منظور ردیابی چند‌شکلی در توالی‌های هدف از تکنیک چند‌شکلی ساختار فضایی رشته‌های منفرد (sscp) و رنگ آمیزی با نیترات نقره استفاده شد. نتایج این مطالعه حاکی از عدم وقوع جهش در تمامی جایگاه‌های مورد مطالعه بود، بطوری که در تمام نمونه‌های مورد بررسی، بر اساس اندازه قطعه مورد بررسی، الگوی باندی یکسانی شناسائی شد. عدم شناسائی وجود چند‌شکلی در نواحی مورد بررسی، احتمالاً ممکن است به دلایلی نظیر ناکارآمدی نسبی تکنیک pcrsscp در شناسائی جهش‌ها، کوچک بودن اندازه نمونه‌های مورد بررسی، پیامدهای تصادفی ناشی از رانش ژنی و یا تاثیر انتخاب مصنوعی و یا طبیعی بر علیه وقوع جهش در نواحی مزبور باشد. بنابراین، نواحی ژنی مورد بررسی در این تحقیق به عنوان نشانگر مولکولی برای ارزیابی صفت وزن تولد در گاو‌های هلشتاین فاقد کارائی هستند.

PCR-SSCP Analysis of Genetic Variation in DNMT Gene Family in Holstein Cattle

Members the DNA Methyltransferases (DNMT) gene family have been shown to play fundamental roles in regulating embryonic growth and development from embryonic fertilization to postnatal life; through regulating the establishment and/or maintenance of specific epigenetic marks. The present study was conducted to identify potential reported mutations within the exon 33 of DNMT1, intron 4 of DNMT3a and intron 3 DNMT3a genes and their relationship with birth weight in Holstein cows. A total of 60 blood samples from Holstein dairy cattle with records of weight from birth to adult age were randomly collected from industrial dairy cattle farm located in Kerman province. Genomic DNA samples was extracted using PhenolChloroform method and target sequence was amplified with PCR using specific primers. Polymerase chain reactionsingle stranded conformational polymorphism (PCRSSCP) and silver nitrate staining methods was used for screening potential mutation in target sequences. According to the results of this study, in all cases, no mutation in target sequence were identified as all samples had the same specific SSCP pattern with respect to their size. The lack of polymorphism in these region may be attributable to an relative inefficiency of PCRSSCP for mutation detection, small sample size, stochastic effects of genetic drift and/or conserved nature of these genes due to either natural or artificial selection. According to the results of this study, analyzed sequence may not be informative as molecular marker for birth weight in Holstein cattle.