>
Fa   |   Ar   |   En
   ارزیابی صحت پیش‌بینی ژنومی در معماری‌های مختلف ژنومی صفات کمی و آستانه‌ای با جانهی داده‌های ژنومی شبیه‌سازی‌شده، توسط روش جنگل تصادفی  
   
نویسنده نادری یوسف
منبع پژوهشهاي توليدات دامي - 1397 - دوره : 9 - شماره : 20 - صفحه:129 -138
چکیده    گزینش ژنومی چالشی امیدبخش برای کشف رموز ژنتیکی صفات کمی و کیفی به منظور بهبود رشد ژنتیکی و صحت پیش بینی ژنومی در اصلاح دام می باشد. به علت ناخوانا بودن نسبتی از ژنوتیپ ها، پیش بینی دقیق صحت ژنومی نیازمند برآورد این نشانگرها از طریق جانهی می باشد. در نتیجه هدف این تحقیق برآورد صحت جانهی و عوامل موثر برآن و ارزیابی صحت ژنومی روش جنگل تصادفی در برای معماری های مختلف ژنومی برای آنالیز صفات کمی و آستانه ای دودویی بود. در فاز اول، داده های ژنومی از طریق نرم افزار qmsim با سطوح متفاوت وراثت پذیری (05/ 0 و 25/ 0)، سطوح مختلف ld (کم و زیاد) و تراکم های متفاوت جایگاه های صفات کمی (96 و 960) و تعداد 48 کروموزم شبیه سازی شدند. در فاز دوم، برای شبیه سازی شرایط واقعی، بطور تصادفی اقدام به حذف (50 و 90 درصد) برخی نشانگر نموده و در مرحله بعد از طریق نرم افزار flmpute اقدام به جانهی و پیش بینی نقاط گم شده نموده و صحت جانهی مورد ارزیابی قرار گرفت. در فاز سوم، دادهای اصلی و جانهی با استفاده از روش جنگل تصادفی جهت ارزیابی صحت ژنومی صفات کمی و آستانه ای استفاده شدند. نتایح نشان داد که با افزایش سطح ld صحت جانهی بهبود می یابد. با افزایش نسبت حذف نشانگرها (90 درصد)، اثر صحت جانهی بر صحت پیش بینی ژنومی پررنگتر بود. در صفات آستانه ای، سناریوی با حد بالای qtl، ld و وراثت پذیری و در صفات پیوسته، سناریوی با حد بالای ld و وراثت پذیری و حد پایین qtl بیشترین صحت پیش بینی ژنومی را در روش جنگل تصادفی به خود اختصاص دادند. به طور کلی عملکرد روش جنگل تصادفی در برآورد صحت ژنومی صفات آستانه ای نسبت به صفات کمی بهتر بود.
کلیدواژه عدم تعادل پیوستگی، صفات آستانه‌ای، یادگیری ماشینی، جانهی، معماری ژنومی
آدرس دانشگاه آزاد اسلامی واحد آستارا, ایران
پست الکترونیکی y.naderi@iau-astara.ac.ir
 
 

Copyright 2015
Islamic World Science Citation Center
All Rights Reserved