metagenomic analysis of malva sylvestris from iran displays a malva vein clearing virus genome

To date, only the complete genome of one malva vein clearing virus (mvcv) has been sequenced worldwide. here, for the first time, the genomic sequence of an isolate of mvcv affecting malva sylvestris in iran was determined, using rna deep sequencing confirmed by reverse-transcription polymerase chain reaction and sanger sequencing. the sequence of ir1 was 11,055 nucleotides in length and contained a single open reading frame of 10,527 nucleotides encoding a large polyprotein of 3,508 amino acids with predicted molecular weight of 395,08 kda. the sequence contained nine putative proteolytic cleavage sites and motifs conserved in homologous proteins of other potyviruses. the p1 of the ir1 was 1236 nucleotides longer than that of the only recently reported sequence from china (mvcv-sx, mn116683). the complete genome sequence obtained from the study showed 81.24% and 91.93% identities to its chinese counterpart at the nucleotide (nt) and deduced amino acid (aa) levels, respectively. the low nt and aa sequence identity with known mvcv isolate seems to indicate that ir1 is a novel strain. phylogenetic analysis of the coat protein gene also showed that the iranian isolate was most closely related to the dutch isolate nakt-nl (fj539084), with identities of 94.06 (at nt level) and 96.04% (at aa level). the results of this study will be useful for understanding the global molecular epidemiology of mvcv.

تجزیه و تحلیل متاژنومیک گیاه پنیرک از ایران آلودگی به malva vein clearing virus را نشان می‌دهد

تا به امروز تنها ژنوم کامل یک جدایه از ویروس رگبرگ روشنی پنیرک (mvcv) در سراسر جهان توالی یابی شده است. در این بررسی، برای اولین بار توالی ژنومی mvcv از گیاه پنیرک (malva sylvestris) در ایران با استفاده از توالی­یابی عمیق rna و سپس rt-pcr و توالی یابی سنگر تعیین گردید. براساس نتایج به دست آمده ترادف ژنوم جدایه ایرانی (ir1) شامل 11055 نوکلئوتید بدون دنباله poly (a) بود. ژنوم حاوی یک orf منفرد به اندازه 10527 نوکلئوتید بوده که کدکننده پلی­پروتئینی حاوی 3508 آمینواسید و وزن مولکولی 08/395 می­باشد. این ژنوم دارای نه سایت برش پروتئولیتیک و موتیف­های محافظت شده در پروتئین‌های همولوگ موجود در سایر پوتی ویروس‌ها بود. ژن p1 جدایه ir1 به اندازه 1236 نوکلئوتید بلندتر از p1 تنها توالی گزارش شده این ویروس از چین (mvcv-sx, mn116683) می­باشد. ژنوم کامل جدایه به دست آمده در این بررسی 24/81% تشابه را در سطح نوکلئوتیدی و 93/91% تشابه را در سطح آمینو­اسیدی با همتای چینی خود نشان داد. تشابه کم در سطح نوکلئوتیدی و آمینو­اسیدی با تنها جدایه mvcv شناخته شده بیانگر استرینی جدید از این ویروس می­باشد. آنالیز فیلوژنتیکی ژن پروتئین پوششی نیز نشان داد که جدایه ایرانی بیشترین تشابه (06/94% در سطح نوکلئوتیدی و 04/96% در سطح آمینو­اسیدی) را با جدایه هلندی این ویروس (nakt-nl) (fj539084) دارد. نتایج این پژوهش برای درک بهتر اپیدمیولوژی mvcv در سطح جهانی مفید خواهد بود.