|
|
|
|
the complete genome sequences of two recombinant isolates of squash mosaic virus from iran
|
|
|
|
|
|
|
|
نویسنده
|
mehrvar m. ,gerami nooghabi m. ,zakiaghl m.
|
|
منبع
|
journal of agricultural science and technology - 2022 - دوره : 24 - شماره : 2 - صفحه:477 -490
|
|
چکیده
|
Squash mosaic virus (sqmv) is a comovirus that infects many cucurbit crops worldwide. in this study, the first two complete genome sequences of sqmv (bsq and tsq) from iran were determined. the rna genomes of isolates bsq and tsq were, respectively, 5,754 and 5,755 (rna1) and 3290 and 3271 (rna2) nucleotides (nt) in length, excluding the 3’-terminal poly (a) tail. rna1 of both isolates encodes a single polyprotein of 1858 amino acids (aa). the identity between the two iranian isolates (bsq and tsq) was 94.24% nt and 94.82% aa for rna1 and 88.80% nt and 89.50% aa for rna2. in comparison to other sqmv isolates, bsq and tsq shared the highest nucleotide sequence identities of 95.12 % to 93.56 % (rna1), and 87.59 % to 87.19 % (rna2), respectively, with the spanish isolate (rz-sqmv). phylogenetic analysis based on complete genome sequences reveals that sqmv isolates cluster into three distinct groups. bsq was clustered alongside a spanish isolate in one group and tsq was separately clustered with a chinese and us isolates in another group. recombination analysis revealed that bsq (rna1, 2) and tsq (rna2) were putative recombinants. bsq had 6 recombination sites within 5’-utr, helicase, protease, rdrp (in rna1), scp and 3’-utr (in rna2) regions, whereas tsq had 4 recombination sites within 5’-utr, mp (two breaking points) and lcp region.
|
|
کلیدواژه
|
comovirus ,cucurbits ,phylogenetic analysis ,recombination ,sqmv.
|
|
آدرس
|
ferdowsi university of mashhad, faculty of agriculture, department of plant protection, iran, ferdowsi university of mashhad, faculty of agriculture, department of plant protection, iran, ferdowsi university of mashhad, faculty of agriculture, department of plant protection, iran
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
توالی یابی کامل ژنوم دو جدایه نوترکیب ویروس موزاییک کدو (squash mosaic virus, sqmv) از ایران
|
|
|
|
|
Authors
|
|
|
Abstract
|
ویروس موزاییک کدو (sqmv) یک کوموویروس است که کدوییان را در سرتاسر دنیا آلوده می کند. در این پژوهش، برای اولین بار دو جدایه ایرانی ویروس sqmv ( bsq و tsq) به طور کامل توالی یابی شدند. rna ژنومی جدایه های bsq و tsq بدون دنباله poly a به ترتیب 5754 و 5755 (برای rna1) و 3290 و 3271 (برای rna2) نوکلئوتید طول داشتند. rna1 هر دو جدایه ایرانی پلی پروتئین واحدی به طول 1858 آمینواسید را کد می نماید. میزان شباهت دو جدایه ایرانی (bsq و tsq) 94.24% در سطح نوکلئوتیدی و 94.82% در سطح آمینواسیدی، برای rna1 و 88.80% در سطح نوکلئوتیدی و 89.50% در سطح آمینواسیدی برای rna2 می باشد. در مقایسه با سایر جدایه های این ویروس، bsq و tsq به ترتیب، بیشترین درصد شباهت یعنی 93.56% و 95.12% (rna1)، و 87.19% و 87.59% (rna2) در سطح نوکلئوتیدی را با جدایه اسپانیائی(rz-sqmv) این ویروس دارند. بررسی های فیلوژنتیکی بر اساس توالی کامل جدایه ها نشان داد که جدایه های ویروس sqmv در سه گروه متفاوت قرار می گیرند. bsq در کنار جدایه اسپانیایی در یک گروه و tsq به همراه جدایه های چینی و آمریکایی در گروهی مجزا قرار می گیرند. بررسی نوترکیبی نشان داد که bsq (rna1 و rna2) و tsq (rna2) نوترکیب هستند. bsq دارای نواحی نوترکیبی در 5’-utr، هلیکاز، پروتئاز، rdrp (در rna1)، پوشش پروتئینی کوچک (scp) و 3’-utr (در rna2) می باشد، در حالی که tsq دارای 4 ناحیه نوترکیبی در 5’-utr، پروتئین حرکتی (دو ناحیه نوترکیب) و پوشش پروتئینی بزرگ (lcp) است.
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|