|
|
|
|
population genetic structure of fusarium oxysporum f. sp. ciceris, the causal agent of chickpea wilt, using ssr markers in west and northwest of iran
|
|
|
|
|
|
|
|
نویسنده
|
nourollahi khoshnood ,zamanizadeh hamid reza ,javan-nikkhah mohammad ,shokri jafar ,rezaee saeed
|
|
منبع
|
journal of agricultural science and technology - 2022 - دوره : 24 - شماره : 5 - صفحه:1251 -1264
|
|
چکیده
|
Chickpea wilt caused by fusarium oxysporum f. sp. ciceris is one of the major yield-limiting factors in chickpea, particularly in west and northwest of iran. simple sequence repeats (ssr) were used to determine genetic structure of fusarium oxysporum f. sp. ciceris populations from three infected areas located in west and northwest provinces of iran during 2016-2017. a set of six microsatellite primer pairs revealed 35 alleles in each locus with an average of 5.83 per locus. the pic value varied from 0.20 (foag11) to 0.39 (fodf7) with an average of 0.27 per locus. the average number of effective alleles (ne), number of private alleles (na), allelic variability per locus (h), shannon’s information index (i) and percentage of polymorphic loci (%pl) in three populations were 1.33, 1.97, 0.2208, 0.357, and 74.29, respectively. the average genetic distance was calculated among the three populations. nei’s pair-wise genetic distances between the populations varied from 0.0202 to 0.98. the total gene diversity (ht) and gene diversities between subpopulations (hs) were estimated to be 0.2208 and 0.2079, respectively. gene diversity attributable to differentiation among populations (gst) was 0.0585, while gene flow (nm) was 8.0412. the amova of genetic variation in fusarium oxysporum f. sp. ciceris populations revealed that 5% of the variance occurred among populations and 95% within populations. phipt value was 0.054. the lowest genetic distance was found between kurdistan and west azerbaijan with lorestan populations, while the highest genetic distance was observed between lorestan and kermanshah populations.
|
|
کلیدواژه
|
cicer arietinum l. ,gene flow ,genetic diversity ,microsatellite ,nei’s genetic distances
|
|
آدرس
|
islamic azad university, science and research, faculty of agricultural sciences and food industries, department of plant protection, iran, islamic azad university, science and research branch, faculty of agricultural sciences and food industries, department of plant protection, iran, university of tehran, college of agriculture and natural resources, department of plant protection, iran, islamic azad university, science and research branch, faculty of agricultural sciences and food industries, department of plant protection, iran, islamic azad university, science and research branch, faculty of agricultural sciences and food industries, department of plant protection, iran
|
|
پست الکترونیکی
|
srezaee@srbiau.ac.ir
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
ساختار ژنتیکی جمعیت قارچ fusarium oxysporum f. sp. ciceris، عامل پژمردگی نخود معمولی، با استفاده از نشانگرهای ssr در غرب و شمال غرب ایران
|
|
|
|
|
Authors
|
|
|
Abstract
|
پژمردگی نخود معمولی توسط قارچ fusarium oxysporum f. sp. ciceris یکی از فاکتورهای مهم در کاهش عملکرد محصول نخود در مزارع غرب و شمال غرب کشور می باشد. در سال های زراعی 96-1395 با استفاده از نشانگر ssr، تعیین ساختار ژنتیکی جمعیت های قارچ fusarium oxysporum f. sp. ciceris در مزارع غرب و شمال غرب ایران انجام گرفت. با کاربرد شش آغازگر ssr، 35 آلل در جایگاه ژنی و با متوسط 83/5 آلل در هر جایگاه ژنی تکثیر شد. میزان چند شکلی آغازگرها (pic) از 2/0 (foag11) تا 39/0 (fodf7) با متوسط 27/0 در هر جایگاه ژنی بدست آمد. متوسط آلل های موثر(ne)، تعداد آلل های اختصاصی (na)، تنوع آللی در هر جایگاه ژنی (h)، شاخص شانون (i) و درصد چند شکلی جایگاه ژنی (%pl) در سه جمعیت به ترتیب، 33/1، 97/1، 2208/0، 357/0 و 29/74 بود. میانگین فاصله ژنتیکی بین سه جمعیت محاسبه شد. فاصله ژنتیکی نئی بین جمعیت ها از 0202/0 تا 98/0 متغیر بود. تنوع ژنی کل (ht) و تنوع ژنی بین زیرجمعیت ها (hs) به ترتیب، 2208/0 و 2097/0 تخمین زده شد. تنوع ژنی ناشی از تمایز بین جمعیت ها (gst) 0585/0، در حالی که جریان ژنی (nm)، 0412/8 بود. آنالیز تنوع ژنتیکی (آموا) در جمعیت های قارچ fusarium oxysporum f. sp. ciceris نشان داد که 5 % از واریانس مربوط به تنوع بین جمعیت ها و 95 % تنوع در درون جمعیت های قارچ رخ داده است. phipt، 054/0 محاسبه گردید. کمترین فاصله ژنتیکی بین جمعیت های کردستان و آذربایجان غربی با جمعیت لرستان، در حالی که بیشترین فاصله ژنتیکی بین جمعیت لرستان با جمعیت کرمانشاه مشاهده شد.
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|