|
|
|
|
first nearly complete genome sequence of onion yellow dwarf virus infecting garlic in iran
|
|
|
|
|
|
|
|
نویسنده
|
entezari a. ,mehrvar m. ,zakiaghl m.
|
|
منبع
|
journal of agricultural science and technology - 2021 - دوره : 23 - شماره : 6 - صفحه:1355 -1366
|
|
چکیده
|
For the first time, the nearly complete genome sequence of onion yellow dwarf virus (oydv) was found in iran from garlic (allium sativum l.) by deep rna sequencing. complete coding sequence of the iranian isolate of oydv (mn528769) consists of 10,212 nucleotides (nt), encodes a polyprotein with 3,403 amino acids (aa). pairwise sequence comparisons showed that ir-kh2 shares 74.84-97.39% identity at the nt level and 75.67-98% identity at the amino acids level, respectively with other oydv isolates deposited in the genbank previously. according to the phylogenetic analysis, the oydv isolates were divided into two main groups based on the coding sequence of genome and the iranian oydv isolate cluster together with the australian (ms/sw1), spanish (sg1), chinese (g78 and g37-2), and indian (rr1) isolates. furthermore, a genetic recombination analysis was also performed, in which a putative recombination event was detected in the nuclear inclusion body b (nib) gene.
|
|
کلیدواژه
|
allium sativum l. ,oydv ,phylogenetic analysis ,recombination
|
|
آدرس
|
ferdowsi university of mashhad, faculty of agriculture, department of plant pathology, iran, ferdowsi university of mashhad, faculty of agriculture, department of plant pathology, iran, ferdowsi university of mashhad, faculty of agriculture, department of plant pathology, iran
|
|
پست الکترونیکی
|
zakiaghl@um.ac.ir
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
تعیین اولین ترادف نزدیک به کامل ژنوم ویروس کوتولگی زرد پیاز (Onion yellow dwarf virus) در میزبان سیر از ایران
|
|
|
|
|
Authors
|
|
|
Abstract
|
در این مطالعه توالی ژنومی نزدیک به کامل ویروس کوتولگی زرد پیاز (Onion yellow dwarf virusOYDV) جدا شده از سیر (Allium sativum L.) برای اولین بار از ایران با استفاده از تکنولوژی توالی‌یابی نسل جدید (Next Generation SequencingNGS) تعیین شده است. طول کامل توالی کدکننده این جدایه ایرانی ویروس کوتولگی زرد پیاز (IRKh2/ MN528769)، ۱۰212 نوکلئوتید بود که پلی‌پروتئینی با ۳۴۰۳ آمینواسید را رمزگذاری می‌کند. مقایسه توالی جدایه ایرانی با سایر جدایه‌های OYDV ثبت شده در بانک ژن نشان‌دهنده شباهت 39/97 84/74 و 9867/75 در سطح نوکلئوتیدی و آمینواسیدی بود. با توجه به نتایج آنالیز فیلوژنی بر اساس توالی کدکننده ژنومی، جدایه های OYDV در دو گروه مجزا قرار گرفته و جدایه ایرانی به همراه جدایه‌هایی از استرالیا (HQ258895)، اسپانیا (JX429964)، چین (MN059603 and MN059578) و هند (KJ451436) در گروه A و در زیر گروه III قرار گرفت. بعلاوه وقوع یک نوترکیبی احتمالی در ژنوم جدایه ایرانی در ناحیه ژنی اینکلوژن‌بادی هسته‌ای (Nuclear inclusion bodyNIb) ردیابی شد.
|
|
Keywords
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|