a genome-wide association study of survival to unexpected acute heat stress in a f_2 chicken population

Heat stress, or hyperthermia, can have a serious effect on chicken performance in poultry industry in many parts of the world. both genetics and environment play key role in the performance of a chicken and, therefore, it is important to consider both factors in addressing heat stress. on genetics level, genome- wide association studies have become a popular method for studying heat stress in recent years. a population of 202 f_2 chickens was reared for 84 days to find genes and genomic regions affecting growth traits and immune system. but, due to unexpected acute increase in temperature at day 83, 182 birds died (case) and 20 birds remained alive (control). at the age of 70 days, blood sample of all birds was collected to extract their dna, using modified salting out method. all samples were genotyped by a 60 k single nucleotide polymorphism (snp) chip. genome-wide association study was carried out by gcta to identify gene and genomic regions associated with heat stress tolerance. results indicated a close relationship between 28 snps, located on chromosomes 2, 3, 5, 6, 7, 12, 19, 20, and 21 and heat stress tolerance at the level of suggestive significance. two suggestively significant markers on chromosome 5, namely, ggaluga273356 and gga_rs16479429, were located within and 52 kb downstream of two genes, including mapkbp1and spon1, respectively. gene ontology analysis indicated that the resistance of chickens to acute increase of temperature might be linked to the function of mapkbp1 and spon1 genes and their biological pathways. these results will be useful for understanding the molecular mechanisms of snps and candidate genes for heat stress tolerance in chickens and provide a basis for increasing genetic resistance in breeding programs.

بررسی ارتباط چند شکلی ماندگاری ناشی از تنش گرمایی در یک جمعیت F2 مرغ

تنش حرارتی یک مشکل جدی در پرورش صنعتی طیور به شمار می رود که تحت تأثیر فاکتورهای محیطی و ژنتیکی قرار دارد. در سطح ژنتیکی، مطالعات پویش ژنوم در سال های اخیر به روشی رایج برای مطالعه تنش های حرارتی تبدیل شده است. در پژوهش حاضر، در مجموع یک جمعیت با تعداد 202 قطعه مرغ نسل F2 برای یافتن ژن ها و مناطق ژنومی مؤثر بر صفات رشد و سیستم ایمنی بدن ایجاد و برای 84 روز پرورش داده شدند، اما به دلیل بروز حادثه ی ناشی از افزایش ناخواسته دما در روز 83، تعداد 182 قطعه پرنده از بین رفته و 20 پرنده زنده ماندند. از نمونه خون این پرندگان، که در سن 70 روزگی جمع آوری شده بود، DNA آن ها به روش بهینه شده نمکی استخراج شد. همه نمونه های استخراج شده توسط تراشه تجاری 60 هزارتایی چندشکلی تک نوکلئوتیدی تعیین ژنوتیپ شدند. پویش ژنومی این داده ها برای شناسایی ژن ها و مناطق ژنومی مرتبط با مقاومت به تنش گرمایی با استفاده از نرم افزار GCTA انجام شد. نتایج نشان داد که ارتباط معناداری بین 28 چندشکلی تک نوکلئوتیدی با صفت مقاومت به تنش گرمایی در سطح پیشنهادی وجود دارد. دو نشانگر معنادار روی کروموزوم ۵، یعنی GGaluGA273356 و Gga_rs16479429، با فاصله 52 کیلو باز پایین دست ژن SPON1 و درون ژن MAPKBP1 قرار داشتند. بررسی هستی شناسی ژن نشان داد که مقاومت به تنش گرمایی در جوجه ها، با ژن های MAPKBP1 و SPON1 و مسیرهای بیولوژیکی آن ها در ارتباط است. این نتایج برای درک مکانیسم مولکولی چندشکلی های تک نوکلئوتیدی و ژن های نامزد برای مقاومت به تنش گرمایی مفید بوده و می تواند در برنامه های اصلاحی برای بهبود مقاومت ژنتیکی استفاده شود.