assessment of infraspecific genetic diversity in nepeta kotschyi boiss., a native iranian medicinal plant

The genus nepeta is one of the largest genera in the lamiaceae family, and iran is one of the main centers of origin of this genus. the genetic diversity estimation of the genus nepeta germplasm provides a basis for future biodiversity conservation efforts and also for the selection of high-productive genotype(s) for the field production improvement. in this work, eleven rapd primers with suitable banding pattern and prominent polymorphism were used for the estimation of infraspecific genetic diversity of n. kotschyi based on 21 populations. the study included 19 and 2 populations belonging to var. persica and var. kotschyi, respectively. eleven primers amplified totally 225 scorable rapd loci, 204 of which were polymorphic. the average number of bands per primer was 20.5, 18.5 of which were polymorphic. primers opf 05, opb 15, opt 14, opo 07, and opf 14 were the most powerful for the detection of the genetic diversity across the samples. cluster analysis showed six genotypic groups. n. kotschyi var. kotschyi populations were placed in a group separated from the samples belonging to n. kotschyi var. persica. the same analysis showed that the genetic diversity pattern corresponds to the geographical distribution of the populations. of the total variation in the studied germplasm, 32% was related to inter-populations and 68% to intra-populations variation. the results indicated the high potential of rapd markers to resolve the status of the studied genotypes in regard to inter- and intra-populations diversity and to diversify n. kotschyi varieties previously resolved by morphometric methods.

ارزیابی تنوع ژنتیکی زیرگونه‌ای در Nepeta kotschyi Boiss.، یک گیاه دارویی بومی ایرانی

پونه‌سا (Nepeta) یکی از بزرگ‌ترین جنس‌های خانواده نعنا (Lamiaceae) است، و ایران، به‌طور ویژه، یکی از خواستگاه‌های اصلی این جنس است. برآورد تنوع ژنتیکی ژرم‌پلاسم جنس پونه‌سا، پایه‌ای برای تلاش‌های آینده حفاظت از تنوع زیستی و همچنین برای انتخاب ژنوتیپ‌(های) با قابلیت تولیدی بالا برای بهبود تولید زراعی آن فراهم می‌کند. در این تحقیق، برای ارزیابی تنوع ژنتیکی زیرگونه‌ای N. kotschyi بر اساس 21 جمعیت، 11 آغازگر RAPD با الگوی نواربندی و چندشکلی مناسب مورد استفاده قرار گرفت. جمعیت‌های مورد مطالعه از دو واریته شامل persica (19 جمعیت) و kotschyi (2 جمعیت) بودند. در مجموع، 11 آغازگر RAPD، 225 باند قابل ارزیابی را تکثیر نمودند، که 204 تا از آن‌ها چندشکل بودند. میانگین تعداد باندها به ازای هر آغازگر 5/20 بود، که 5/18 تا از آن‌ها چندشکل بودند. آغازگرهای OPF 05، OPB 15، OPT 14، OPO 07 و OPF 14 برای شناسایی تنوع ژنتیکی نمونه‌ها، کاراتر بودند. تجزیه خوشه‌ای، شش گروه ژنوتیپی را نشان داد. جمعیت‌های N. kotschyi var. kotschyi در یک گروه مجزا از جمعیت‌های N. kotschyi var. persica قرار گرفتند. گروه‌بندی جمعیت‌های مورد مطالعه نشان داد که الگوی تنوع ژنتیک با الگوی توزیع جغرافیایی هم‌خوانی دارد. از مجموع تنوع ژرم‌پلاسم مورد مطالعه، 32 درصد به بین جمعیت‌ها و 68 درصد به درون جمعیت‌ها تعلق گرفت. نتایج نشان‌دهنده کارایی بالای نشانگرهای RAPD برای تعیین وضعیت ژنوتیپ‌های مورد مطالعه در خصوص تنوع بین و درون جمعیت‌ها و تفکیک واریته‌های N. kotschyi که قبلا توسط روش‌های مورفومتری تعیین شدند، می‌باشد.