molecular characterization of peach latent mosaic viroid variants isolated from stone fruit trees in kurdistan province, iran

In order to investigate the possible presence and molecular features of peach latent mosaic viroid (plmvd) in west iran (kurdistan province), a total of 132 leaf samples from almond, apricot, nectarine, peach, plum, sour cherry, and sweet cherry were collected from orchards during the summer of 2016 and 2017. reverse transcription polymerase chain reaction amplified an expected ~350 base pair dna fragment from 34 samples. the complete genome sequencing of 17 cloned isolates was determined. sequence alignment of the new sequences showed 94.3100% nucleotide identity, and 79.2100% nucleotide identity with other previously reported plmvd isolates. in phylogenetic analysis, isolated viroid variants from this study and 32 previously reported isolates were placed in two groups (i and ii). all the isolated viroid variants in the present study were placed in group iia (mosaic-inducing isolates), together with other isolates from australia, china, india, iran, spain, tunisia, and turkey. the secondary structure of the iranian variants revealed their unique structures as compared with previously reported isolates of the viroid. to our knowledge, this is the first report of plmvd infection on apricot, sweet cherry, sour cherry, and nectarine in iran.

مشخصات مولکولی واریانت‌های ویروئید موزاییک نهان هلو جدا شده از باغات هسته‌دار استان کردستان، ایران

به منظور بررسی حضور و تعیین مشخصات مولکولی PLMVd در غرب ایران (استان کردستان)، طی بهار و تابستان 1394 و 1396 تعداد 132 نمونه برگی از هلو، آلو، زردآلو، شلیل، گیلاس، بادام و آلبالو از باغات استان جمع آوری شد. استخراج اسید نوکلئیک کل با استفاده از روش سیلیکا و سنتز cDNA با استفاده از آغازگرهای تصادفی شش تایی انجام شد. PCR با استفاده از آغازگرهای اختصاصی این ویروئید منجر به تکثیر قطعه مورد انتظار حدود350 جفت باز در 36 نمونه شد. به منظور بررسی صحت قطعات تکثیر یافته و تعیین مشخصات مولکولی آن ها، فرآورده 17 نمونه/درخت پس از اتصال به پلاسمید pTG19T و همسانه سازی در باکتری E. coli DH5 alpha; تعیین توالی شدند. توالی های به دست آمده PLMVd در بانک ژن و هم ردیف سازی این توالی ها با سایر توالی های این ویروئید نشان داد که 3/94100% تشابه بین جدایه های این تحقیق و 2/79100% با سایر جدایه های گزارش شده شباهت نوکلئوتیدی وجود دارد. در بررسی تبارزایی، جدایه ها ی حاصل از این تحقیق با 32 جدایه منتشر شده قبلی در دو گروه تبارزایی قرار گرفتند که جدایه های این تحقیق در گروه دوم (جدایه های ایجاد کننده موزائیک) با جدایه های از هند، چین، اسپانیا، تونس، استرالیا و ایران هم گروه شدند. همچنین ارتباطی بین منشا جدایه ها و میزان شباهت نوکلئوتیدی آن ها به دست نیامد. ساختار ثانویه ترسیم شده برای برخی جدایه های این تحقیق حاکی از ساختارهای جدید در این جدایه ها بود. بنابر اطلاعات موجود این اولین گزارش از ردیابی PLMVd از میزبان های هلو، شلیل، گیلاس، آلو، زردآلو، بادام و آلبالو از استان کردستان و از میزبان های زردآلو، گیلاس، بادام و آلبالو از ایران می باشد.