development and validation of a real-time pcr assay for identification of a common agrotis species: agrotis segetum (lepidoptera: noctuidae)

The common cutworm, agrotis segetum, is a serious soil pest of many vegetable and field crops all over the world. morphological identification of agrotis species is predominantly performed on adults due to the deficiency of adequate identification keys for immature stages. in international trade, the immature life stages are frequently being intercepted at point of inspection, challenging the possibilities of morphological identification. to realize a rapid and reliable identification for all stages of a. segetum, a taqman realtime polymerase chain reaction (pcr) was developed based on the mitochondrial cytochrome oxidase i (coi) gene. all specimens of a. segetum (including various life stages) were detected and no cross reactivity was observed with 5 nontarget agrotis species in the specificity tests. the tests showed to be repeatable, reproducible, and robust. the assay performed equally well with crushed insects and purified dna, so, the efficiency was added by removing dna extraction step. the method has proven to be suitable tools for routine identification of all life stages of a. segetum considering the speed, specificity, as well as sensitivity of the assay.

ایجاد و اعتبارسنجی روش Real-time PCR برای شناسایی گونه‌ای رایج از کرم‌های طوقه‌بر: Agrotis segetum (Lepidoptera: Noctuidae)

کرم طوقه بر، Agrotis segetum، یکی از آفات مهم بسیاری از محصولات زراعی و سبزیجات در سراسر دنیا است. شناسایی مورفولوژیکی گونه های Agrotis اغلب براساس خصوصیات افراد بالغ بوده و کلیدهای شناسایی برای مراحل نابالغ غالبا موجود نیست. در تجارت بین المللی، در ایستگاه های قرنطینه غالبا مراحل نابالغ آفات یافت شده که همین امر شناسایی مورفولوژیک آنها را دچار چالش می کند. برای شناسایی سریع و دقیق همه مراحل زیستی A. segetum، روش TaqMan realtime PCR بر اساس ژن میتوکندریایی COI مورد استفاده قرار گرفت. تمامی نمونه های A. segetum (شامل مراحل زیستی مختلف) شناسایی شدند و در آزمون های اختصاصیت، در هیچ یک از 5 گونه دیگر Agrotis واکنش متقابلی مشاهده نشد. آزمایشات کاملا تکرارپذیر و قابل اعتماد بودند. آزمایشات با نمونه های له شده و استفاده از آنها به عنوان DNA الگو، به خوبی انجام شد که نشان دهنده این موضوع بود که سهولت آزمایش با حذف مرحله استخراج DNA قابل افزایش است. این روش، با در نظر گرفتن سرعت، کارایی و همچنین حساسیت، روشی مناسب برای شناسایی تمام مراحل زیستی A. segetum می باشد.