|
|
|
|
genetic structure and mixed linear model-based association analysis for morphological traits in a collection of tomato landraces from iran and turkey
|
|
|
|
|
|
|
|
نویسنده
|
henareh m. ,abdollahi mandoulakani b. ,dursun a. ,haliloglu k.
|
|
منبع
|
journal of agricultural science and technology - 2020 - دوره : 22 - شماره : 4 - صفحه:1067 -1082
|
|
چکیده
|
To extend the genetic base of iranian tomato germplasm, 93 land races were collected from the northwest of iran and east anatolian of turkey, along with three commercial cultivars, and their genetic structure were studied using 39 ssr primers. thirty five polymorphic ssr loci generated a total of 118 alleles in the studied germplasm. number of alleles per locus and effective number of alleles averaged 3.37 and 2.47, respectively. expected heterozygosity of ssrs varied from 0.227 (tms24) to 0.773 (leta016), averaged 0.558. the mean number of alleles per genomic ssrs (3.61) was more than that of estssrs (2.66). cluster analysis using neighbour joining (nj) method placed 96 tomato genotypes in eight groups. little congruence was found between nj dendrogram and geographical distances. genetic structure analysis of the germplasm using bayesian method revealed two subpopulations and separated cherry tomatoes from the other landraces and commercial cultivars. out of the 21 morphological characters, significant (p 0.05) markertrait associations were found for 18 characters. each of ssr loci tc11, tc948, and tom236237 was associated with three characters. the genetic variability, structure, and markers associated with the studied traits in the current study can be used for planning tomato breeding programs and future studies.
|
|
کلیدواژه
|
association mapping ,bayesian clustering ,solanum lycopersicum ,ssr.
|
|
آدرس
|
agricultural and natural resources research and education center of west azerbaijan, areeo, iran, urmia university, faculty of agriculture, department of plant breeding and biotechnology, iran, ataturk university, faculty of agriculture, department of horticulture, turkey, ataturk university, faculty of agriculture, department of field crops, turkey
|
|
پست الکترونیکی
|
kamilh@atauni.edu.tr
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
ساختار ژنتیکی و تجزیه ارتباط صفات مورفولوژیکی بر اساس مدل خطی مخلوط در ارقام محلی گوجه‌فرنگی ایران و ترکیه
|
|
|
|
|
Authors
|
|
|
Abstract
|
به منظور گسترش پایه ژنتیکی ژرم پلاسم گوجه فرنگی ایران، 93 رقم محلی از شمال غرب ایران و منطقه آناتولی شرقی ترکیه جمع آوری و ساختار ژنتیکی آنها به همراه سه رقم تجاری با 39 جفت آغازگر SSR مطالعه شد. 35 مکان چندشکل SSR در مجموع 118 آلل تولید کردند. متوسط تعداد آلل در هر مکان و تعداد آلل موثر به ترتیب 37/3 و 47/2 آلل بود. هتروزیگوسیتی مورد انتظار در آغازگرها از 227/0 (TMS24) تا 773/0 (LEta016) متغیر و میانگین آن 558/0 بود. میانگین تعداد آلل SSR های ژنومی (61/3) بیشتر از ESTSSRها (66/2) بود. تجزیه خوشه ای با روش Neighbour joining، 96 ژنوتیپ گوجه فرنگی را در هشت گروه قرار داد. همگرایی کمی بین گروهبندی حاصل تجزیه خوشه ای و فواصل جغرافیایی ارقام وجود داشت. تجزیه ساختار ژنتیکی با استفاده از روش Bayesian، ژرم پلاسم مورد مطالعه را به دو گروه تقسیم کرد و ارقام گوجه فرنگی های ریز (چری) را از سایر ارقام محلی و تجاری متمایز کرد. متوسط شاخص تثبیت (FST) برای دو گروه 13/0 و 2/0 بود. از 21 صفت مورفولوژیک مورد مطالعه، 18 صفت با نشانگرهای SSR ارتباط معنی داری (P le;0.05) نشان دادند. نشانگرهای TC11، TC948 و Tom236237 هر کدام با سه صفت ارتباط معنی داری نشان دادند. نتایج حاصل از مطالعه تنوع و ساختار ژنتیکی و نشانگرهای پیوسته شناسایی شده در این تحقیق، در طراحی برنامه های اصلاحی گوجه فرنگی و در مطالعات آینده مورد استفاده قرار گیرد.
|
|
Keywords
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|