In Silico Discovery of Conserved and Novel Mirnas From Expressed Sequence Tags in the Chicken (Gallus Gallus)

Micrornas (mirnas) and other types of small non- coding rnas play a crucial role in the regulation of gene expression in eukaryotes either by post- transcriptional degradation or attenuating translation of messenger rnas. in the case of the chicken (gallus gallus), knowledge regarding mirnas is still limited. in the present study, a computational approach was employed to screen mirnas from the expressed sequence tags (ests) of the chicken. a total of 21,298 known mirnas belonging to 114 metazoan species were searched for homology against more than 192,020 est sequences of the chicken. consequently, 60 potential mirna candidates were identified according to a range of filtering criteria. as a result, four novel mirnas were found among the identified mirnas including gga-mir-92a, gga-mir- 2438, gga-mir-2970-5p, and gga-mir-2970-3p belonging to mir-92, mir-2438 and mir-2970 families. to predict their targeted genes, a blast search was done against the chicken 3' utr mrna database. as a result, 678, 422, 171 and 110 targets were determined for gga-mir-92a, gga-mir-2438, gga-mir-2970-5p, and gga-mir-2970-3p, respectively. most of the predicted target genes participate in multiple biological processes, including immune system, regulation of camp biosynthesis, regulation of cyclase activity and regulation of lyase activity. finally, a phylogenetic analysis of gga-mir-2970 and gga-mir-92a sequences revealed a close relationship between the chicken and taeniopygia guttata, while gga-mir-2438 shares maximum percentage sequence similarity with bta-mir-2438 in bos taurus. the present study is the first attempt to screen micrornas from ests originating from the chicken leading to the identification of novel mirnas.

شناسایی میکرو آر ان ای های جدید و محافظت شده در توالی های برچسب دار و نشان دار شده مرغ (Gallus gallus)

میکرو آر ان ای ها و سایر آر ان های غیر کد کننده کوچک نقش مهمی در تنظیم بیان ژن ها چه در مرحله پس از رونویسی و چه در مرحله ترجمه آر ان ای پیامبر در یوکاریوت هابازی می کنند. در این مطالعه، 192020 از EST های جوجه برای یافتن میکرو آر ان ای ها تجزیه شدند. تعداد 21298 میکرو آر ان ای شناخته شده در این تجزیه شناسایی شدند که مربوط به 114 گونه از جانوران هستند. تعداد 60 کاندید میکرو آر ان ای احتمالی شناسایی شدند در نتیجه چهار میکرو آر ان ای جدید در بین این کاندید ها معرفی شدند که شامل: ggamiR92a، ggamiR2438، ggamiR29705p و ggamiR29703p بودند. این میکرو آر ان ای های جدید متعلق به خانواده های miR92، miR2438و miR2970 هستند. ژن های هدف این میکرو آر ان ای ها نیز پیش بینی گردید به طوری که 678، 422،171 و 110 ژن هدف به ترتیب برای ggamiR92a، ggamiR2438، ggamiR29705p و ggamiR29703p پیدا شد. بسیاری از این ژن های هدف در فرآیندهای زیستی مختلف مانند سیستم ایمنی، تنظیم بیوسنتز cAMP، تنظیم فعالیت سیکلاز و لیاز نقش داشتند. تجزیه فیلوژنتیکی ggamiR92a و ggamiR2970 نشان داد که ارتباط نزدیکی میان جوجه و Taeniopygia guttata وجود دارد در حالی که ggamiR2438 شباهت بسیار زیادی با btamiR2438 در Bos Taurus دارد. مطالعه حاضر برای اولین بار جهت جستجوی میکرو آر ان ای ها در داده های EST جوجه انجام شد.