application of classification tree method to determine factors affecting somatic cell count in holstein cows

In the current study, the effect of phenotypic factors on somatic cell count (scc) wasevaluated by using classification tree technique. the current study used a total of1,972,031 test day records of scc in parity 1 to 4 collected from 1,281 iranian holstein-friesian cows’ herds through 2004–2013. the scc records were converted to binarytrait, defined as 1: if scc≤ 200,000, and 2: otherwise. the cart (classification andregression tree) algorithm for classification trees, with gini index and entropy functionas the division criteria, was used to develop the tree. statistical analysis was performedusing ‘rpart’ package in r software. the constructed tree had 12 leaves and it was 6 levelsdeep. the results of classification tree procedure for ranking of importance of thevariables responsible for the variation in scc were, respectively, parity, test-day milkproduction, year of calving, season of calving, and days in milk (stage of lactation). basedon the obtained classification tree, different combination of variables associated with scccould be identified. according to the classification tree, the lowest amount of scc wasexpected in the group of cows that were in the 1st or 2nd parity; their test-day milkproduction was > 30 kg; they were calved from year 2004 to 2013; and their calvingseason was autumn or winter.

کاربرد درخت تصمیم گیری جهت تعیین فاکتورها مؤثر بر شمار سلول های بدنی در گاوهای هلشتاین ایران

در این مطالعه اثر فاکتورهای محیطی بر شمار سلول های بدنی (SCC) با استفاده از تکنیک درخت تصمیم گیری مورد ارزیابی قرار گرفت. در این مطالعه 1972031 رکورد روز آزمون SCC که در شکم های 1 تا 4 در 1281 گله پرورش دهنده گاو هلشتاین ایران که طی سالهای 1383 تا 1392 جمع آوری شده بود، مورد استفاده قرار گرفت. رکورد های SCC به صورت باینری به صورت زیر تبدیل گردیدند : اگر SCC کمتر از 200000 بود عدد 1 در غیر این صورت عدد 2 به آن اطلاق گردید. از الگوریتم CART(classification and regression tree) و شاخص GINI و تابع آنتروپی به عنوان معیار طبقه بندی و ایجاد درخت استفاده شد. آنالیزهای آماری و ایجاد درخت با استفاده از بسته نرم افزاری rpart در محیط نرم افزاری R انجام گرفت. درخت حاصل شده دارای 6 سطح و 12 برگ بود. بر اساس نتایج حاصل شده از درخت تصمیم گیری مهمترین فاکتورهای موثر بر صفت SCC از لحاظ اهمیت به ترتیب عبارتند از : شکم زایش، مقدار شیر تولیدی، سال زایش، فصل زایش و روز شیردهی ( مرحله شیردهی). بر اساس درخت تصمیم گیری حاصل شده ترکیب های مختلفی از فاکتورهای فنوتیپی موثر بر SCC قابل شناسایی می باشد. درخت تصمیم گیری ایجاد شده در این مطالعه نشان می دهد که کمترین مقدار SCC در گاوهایی مشاهده شد که شکم زایش آنها اول یا دوم و مقدار تولید شیر روزانه آنها بیشتر از 30 کیلوگرم و در فصل پاییز یا زمستان زایش و سال زایش آنها بین 1384 تا 1392 می باشد.