assessment of genetic diversity among xanthomonas arboricolapv. pruni strains using gyrb gene sequencing and rep-pcr genomic fingerprinting in north eastern iran

In the current study, the phenotypic and molecular properties of twenty-five strains obtained from cankerous tissues or leaf necrotic lesions of different stone fruits were evaluated in north-east of iran . all strains studied were identified as xanthomonas arboricola pv. pruni (xap) based on phenotypic assays and confirmed by means of specific pcr at species and pathovar levels. all obtained strains were pathogenic under artificial inoculation and exhibited brittle necrotic spots on plum leaves of cultivar santa rosa under lab conditions. then, the pathogenic xap strains were subjected to molecular assays. in a phylogenetic tree constructed with gyrb sequences, no polymorphism was observed in this gene and iranian xap strains were clustered with the reference one in a separate group. the eric, box and rep primer sets generated reproducible genomic pcr profiles in tested strains and, based on combined data for all primers, a low genetic diversity among xap strains was revealed. in order to achieve results that are more accurate, application of xap strains from all geographical regions of iran will be needed to prove little polymorphism observed in xap population. the current contribution is the first report of molecular homogeneity of xap strains that were collected from northeastern iran.

ارزیابی تنوع ژنتیکی جدایه های Xanthmonas arboricola pv. pruni با استفاده از توالی یابی ژن gyrB و انگشت نگاری ژنومی rep-PCR در شمال شرق ایران

در مطالعه حاضر، ویژگی های فنوتیپی و مولکولی 25 جدایه بدست آمده از شانکر و لکه نکروتیک برگی هسته داران مختلف در شمال شرق ایران ارزیابی گردید. تمامی جدایه های مورد مطالعه بر پایه سنجش های فنوتیپی و واکنش زنجیره ای پلیمراز اختصاصی گونه و پاتووار به عنوان Xanthomonas arboricola pv. pruni (Xap) شناخته شدند. تمامی جدایه های بدست آمده تحت مایه زنی مصنوعی در آزمایشگاه بیماریزا بوده و لکه های شکننده نکروتیک را بر روی برگهای آلو زقم سانتاروزا نشان دادند. سپس جدایه های Xap بیماریزا تحت آزمایشات مولکولی قرار گرفتند. در درخت فیلوژنتیک ترسیم شده توسط ژن gyrB ، چندشکلی در این ژن در جدایه های ایرانی Xap مشاهده نگردید و جدایه ها به همراه جدایه استاندارد در یک گروه قرار گرفتند. جفت آغازگرهای REP,REIC و BOX الگوهای PCR تکرارپذیری را در جدایه های مورد بررسی ایجاد نموده و بر اساس داده های ترکیبی مربوط به هر سه آغازگر، تنوع ژنتیکی اندکی بین جدایه های Xap مشخص گردید. به منظور دستیابی به نتایج دقیق تر، بکارگیری جدایه های Xap بیشتر از تمام مناطق جغرافیایی ایران جهت اثبات چند شکلی اندک مشاهده شده در جمعیت Xap ضروری خواهد بود. مطالعه حاضر اولین گزارش از همگنی مولکولی جدایه ها ی Xap جمع آوری شده از شمال شرق ایران می باشد.