|
|
|
|
a simple and rapid method for genomic dna extraction and microsatellite analysis in tree plants
|
|
|
|
|
|
|
|
نویسنده
|
spadoni a. ,sion s. ,gadaleta s. ,savoia m. a. ,piarulli l. ,fanelli v. ,di rienzo v. ,taranto f. ,miazzi m. m. ,montemurro c. ,sabetta w.
|
|
منبع
|
journal of agricultural science and technology - 2019 - دوره : 21 - شماره : 5 - صفحه:1215 -1226
|
|
چکیده
|
A new and optimized protocol, here called 6hdna (i.e. a genomic dna obtained by a sixhour extraction method), has been developed based on the traditional cetyltrimethylammonium bromide (ctab) method. it allows a fast and easy isolation of genomic dna from plant species, especially from those with high polyphenol and polysaccharide contents. coprecipitation of polysaccharides was avoided by adding higher concentrations of selective precipitants of nucleic acid, ctab 3% (w/v) and sodium chloride (nacl) (1.42m). polyvinylpyrrolidone (pvp) 1% (w/v) was applied to remove polyphenols as pcr inhibitors. proteins were degraded by treatments of chloroform:isoamyl alchol (24:1) and phenol:chloroform:isoamyl alchol (25:24:1) and removed by centrifugation from plant extracts. the yield of total dna from leaves of vitis vinifera, citrus sinensis and olea europaea ranged from 42 to 980 ng micro;l1 with a260/a280 ratio values between 1.6 and 2.06. the purity and integrity of the obtained dna guarantees successful downstream applications including pcr and microsatellite markers. the use of lyophilized plant material and the reduced time of the total procedure make this new 6hdna protocol more convenient when compared to the most common dna isolation protocols, such as: ldquo;doyle and doyle rdquo;, ldquo;lodhi rdquo;, ldquo;li rdquo;, or those using the dnazol reagent and the nucleospin plant minikit.
|
|
کلیدواژه
|
ctab ,dna isolation ,perennial species ,ssr markers.
|
|
آدرس
|
university of bari, sinagri srl, italy, university of bari, department of soil, plant and food sciences, italy, university of bari, sinagri srl, italy, university of bari, sinagri srl, italy, university of bari, sinagri srl, italy, university of bari, sinagri srl, italy, university of bari, sinagri srl, italy, university of bari, sinagri srl, italy, university of bari, dipartimento di scienze del suolo, della pianta e degli alimenti (disspa), italy, university of bari, sinagri srl, italy, university of bari, sinagri srl, italy
|
|
پست الکترونیکی
|
wilma.sabetta@libero.it
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
روشی ساده و سریع برای عصاره گیری دی.ان.ا و تجزیه و تحلیل ریزماهواره ای در گیاهان درختی
|
|
|
|
|
Authors
|
|
|
Abstract
|
در این مطالعه، روشی نو و بهینه ایجاد شد که در اینجا به صورت 6hDNA (به معنی یک ژنومیک دی.ان.ا به دست آمده از روش عصاره گیری در 6 ساعت) ذکر می شود و مبتنی است بر روش سنتی ستیل تری متیل آمونیوم برومید (CTAB). این روش، جدا سازی سریع و آسان ژنومیک دی.ان.ا را از بافت گیاهی ، به ویژه از بافت های دارای پلی فنل و پلی ساکارید زیاد، مقدور می کند. در این روش ، با افزودن غلظت های بالاتر از رسوبات انتخابی اسید نوکلئیک، CTAB 3% (w/v) ، و کلرید سدیم (M 42/1) از همرسوبی (coprecipitation) پلی ساکارید ها جلوگیری شد. برای خارج کردن پلی فنول ها به عنوان بازدارنده های PCR، پلی وینیل پیرولیدون 1% (w/v) (Polyvinylpyrrolidone ) افزوده شد. با استفاده از کلروفرم: ایزوآمیل الکل ( به نسبت 24:1) و فنل: کلروفرم: ایزومیل الکل ( 25:24:1) پروتئین ها تخریب شد و با سانتریفیوژ از عصاره گیاه خارج گردید. تولید کل دی.ان.ا از برگ های Vitis vinifera، Citrus sinensis ، وOlea europaea در محدوده 42 تا 980 نانوگرم در میکرو لیتر بود و نسبت A260/A280 بین 6/1 و 06/2 بود. خلوص و یکپارچگی دی.ان. ا به دست آمده اطمینان میدهد که کاربردهای بعدی(downstream applications ) شامل PCR و مارکر های ریزماهواره ای موفق خواهد بود. استفاده از مواد گیاهی لیوفیلیزه (lyophilized ) و کاهش زمان کل عملیات، این روش 6hDNA نو را در مقایسه با دیگر روش های جداسازی دی.ان.ا مانند روش های ldquo;Doyle and Doyle rdquo; ، ldquo;Lodhi rdquo; ، ldquo;Li rdquo; یا روش هایی که ازماده DNAzol و Plant Minikit Nucleospin استفاده میکنند ، راحت تر میکند.
|
|
Keywords
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|