کاوش ترانسکریپتومی لانه‌گزینی جنینی در اندومتریوم گاوهای شیری

ایجاد و حفظ آبستنی در نشخوار‌کنندگان و به‌ویژه گاوهای شیری جهت تداوم تولید ضروری است. لانه‌گزینی جنین در رحم یک فرآیند ضروری برای حفظ آبستنی و شامل ارتباطات پیچیده بین جنین و اندومتریوم مادری است. بررسی ژن‌ها و مکانیسم‌های تنظیم کننده شروع لانه‌گزینی برای درک فرآیند لانه‏گزینی ضروری است. در این تحقیق، برای درک بهتر اساس مولکولی لانه‌گزینی، پروفیل یاخته‌ای اندومتریوم رحمی گاوهای آبستن در طول این فرآیند در مقایسه با گاوهای غیرآبستن بررسی شد. در مجموع با مقایسه پروفیل‌های اندومتریوم، ژن‏های دارای تفاوت بیانی شناسایی شد. بدین ترتیب بعد از پیش پردازش و تجزیه داده‌ها و انجام فراواکاوی، اثرات متقابل بین ژنی با استفاده از روش داده‌کاوی مورد بررسی قرار گرفت. همچنین با بازسازی شبکه و جستجوی ماژول‌های مهم و عملکردی، تعداد چهار ماژول اصلی شناسایی گردید. مهم‌ترین ژن‌های موجود شامل clu، acta2، mx1، mx2، c1s، col3a1، s100a11، nid1، sell، ptn و cdh13 بودند. مشاهدات این تحقیق توصیه می‌کند که ماژول‌های شناسایی شده می‌توانند نشانگرهای مناسبی برای شروع پذیرش رحمی و لانه‌گزینی جنینی باشند.

Transcriptome mining of embryonic implantation in the endometrium of dairy cattle

Establishment and maintenance of pregnancy are essential for product persistency in ruminants, and especially in dairy cattle. Embryo implantation into the uterus is an essential process for the maintenance of pregnancy, and involves complex interactions between the embryo and maternal endometrium. Examination of genes and mechanisms regulating the initiation of implantation is necessary to understand implantation process. In this study, in order to better understand the molecular basis of implantation, we undertook the transcriptome profiling of endometrial cells of pregnant with nonpregnant cows, during this period. In total differentially expressed genes were identified with the comparison of the endometrial profiles. Thus, after preprocessing and analysis of data and metaanalysis, gene interactions were investigated using data mining approach. Also with the reconstruction of network and search for important and functional modules, we found 4 main modules. The most important genes contained CLU, ACTA2, MX1, MX2, C1S, COL3A1, S100A11, NID1, SELL, PTN and CDH13. The results of this study suggest that identified modules can be used as markers for uterus receptivity, and embryo implantation.