|
|
|
|
برآورد هم خونی ژنومی و ارزیابی هموزیگوسیتی ایجاد شده در گاوهای سرابی و نجدی
|
|
|
|
|
|
|
|
نویسنده
|
خصالی اقطاعی احد ,وفای واله مهدی ,مرادی شهر بابک حسین ,داشاب غلامرضا
|
|
منبع
|
علوم دامي - 1399 - شماره : 127 - صفحه:13 -30
|
|
چکیده
|
مطالعه حاضر به منظور برآورد سطح هم‌خونی ژنومی با استفاده از تجزیه (froh) roh در دو توده گاو بومی ایران شامل سرابی و نجدی و همچنین مقایسه برآوردهای froh با دیگر برآوردهای ضریب هم‌خونی بر اساس ماتریس رابطه ژنوم (fgrm)، درصد snps هموزیگوت (fhom) و اطلاعات شجره‌نامه (fped) انجام شد. برای انجام این کار، به ترتیب تعداد 213 و 211 نمونه به طور تصادفی از جمعیت سرابی و نجدی انتخاب شدند. نمونه‌ها با استفاده از ریز تراشه illumina beadchip 40k v2 تعیین ژنوتیپ شدند. علاوه بر این، تعداد 30 نمونه از گاوهای شیری هلشتاین ایران از مرکز اصلاح نژاد ایران، مورد بررسی قرارگرفتند. آنالیز ژنومی با استفاده از برنامه‌های cfc ، excel، plink، snep انجام شد. در مجموع 2030 بلوک هاپلوتیپی در جمعیت شناسایی شدند. بیشترین و کمترین تعداد قطعات (rohs) roh در بین جمعیت نجدی و سرابی مشاهده شد. علاوه بر این، طول roh در بین نژادهای مختلف متفاوت بود (0/05>p). جمعیت نجدی بیشترین تعداد roh را در دسته‌های با طول متفاوت mb ) roh84، mb168 وmb 16<) داشتند. حداکثر ضریب همبستگی بین ضرایب هم‌خونی برآورد شده بین fped و froh> 4mb (0.592) در جمعیت سرابی بدست آمد (0/001>p ). نتایج این مطالعه وجود هم‌خونی، حداقل در پنج نسل اخیر جمعیت بومی مورد مطالعه را نشان می‌دهد و برنامه‌های حفاظتی باید به منظور مدیریت سطوح هم‌خونی در هر دو جمعیت صورت گیرد.
|
|
کلیدواژه
|
توده های گاو بومی، هم خونی ژنومی، هموزیگوسیتی ایجاد شده
|
|
آدرس
|
دانشگاه زابل, دانشکده کشاورزی, گروه علوم دامی, ایران, دانشگاه زابل, دانشکده کشاورزی, گروه علوم دامی, ایران, دانشگاه تهران، پردیس کشاورزی و منابع طبیعی, گروه علوم دامی, ایران, دانشگاه زابل, دانشکده کشاورزی, گروه علوم دامی, ایران
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
Genomic inbreeding estimation and evaluation of runs of homozygosity in Sarabi and Najdi cattle populations.
|
|
|
|
|
Authors
|
Khasali aghtaei Ahad ,Vafa Valleh Mehdi ,Moradi Shahrebabak Hossein ,Dashab Golamreza
|
|
Abstract
|
The present study was carried out to estimate levels of genomic inbreeding based on ROH (FROH) analysis in the two Iranian native cattle populations including Sarabi and Najdi, as well as comparing the FROH estimates with other inbreeding estimates obtained based on the genomic relationship matrix (FGRM), percentage of homozygous SNPs (FHOM) and pedigree information (FPed). To do this, 213 and 211 samples were randomly selected from Sarabi and Najdi populations, respectively. The samples were genotyped using the Illumina BeadChip40K v2 microchip. In addition, 30 samples of Holstein dairy cattle of Iran provided by Animal Breeding Center of Iran, were included in the analysis . Genomic analysis was performed using CFC, Excel, Plink, SNeP programs. A total of 2030 haploblocks were identified in the populations. The highest and lowest number of ROH segments (ROHs) was observed within Najdi and Sarabi Population, respectively. Furthermore, ROH length were found to be significantly different among breeds (p < 0.05). Najdi population had the highest number of ROH across different categories of ROH length (48Mb, 816Mb and >16Mb). Maximum correlation coefficient among the estimated inbreeding coefficients was obtained between FPed and FROH>4Mb (0.592) in the Sarabi population (p < 0.001). The results of this study indicate that presence of inbreeding at least in the five early generations of the studied native populations and the conservation programs must be taken to manage the inbreeding levels in both populations.
|
|
Keywords
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|