بررسی بیان افتراقی ژن ها، مسیرها و شبکه ژنی در بافت عضله جنین گوسفند در دو نژاد دنبه دار و بی دنبه

فرآیندهای رشد عضلات و متابولیسم لیپید که نقش مهمی در مراحل رشد و نمو جنین دارند،در گوسفندان بیدنبه و دنبه‌دار متفاوت است.از این‌رو برای درک بهتر ژن‌های افتراقی و مسیرهای آن‌ها در بافت عضله قبل از تولد، داده‌های بیان ژن حاصل از آزمایش آرایه مربوط به بافت عضله دو نژاد گوسفند دنبه‌دار و بی‌دنبه (access number: gse23563) مورد تجزیه و تحلیل قرار گرفت. در مراحل 70، 85، 100، 120 و 135 روزگی جنینی بترتیب 691، 410، 404، 290 و 155 ژن‌ دارای بیان افتراقی با استفاده از بسته نرم‌افزاری limma در محیط r شناسایی شد. همچنین شناسایی خوشه‌های ژنی معنی‌دار با استفاده از cytoscape برای هر مقطع سنی انجام شد. در نهایت 12 ژن افتراقی در مجموع پنج مرحله جنینی معرفی شد که در میان آن‌ها ژن‌‌های eef1a2، seli، itgam، ninl و rpl39 به‌عنوان ژن‌های مرتبط با وزن جنین، درگیر در رشد و نمو عضلات جنینی و تنظیم متابولیسم اسیدهای چرب شناسایی شد.همچنین آنالیز ماهیت‌شناسی ژن‌های افتراقی توسط david منجر به شناسایی فرآیندها و مسیرهای معنی‌دار مرتبط با میوژنز، متابولیسم چربی و سیستم ایمنی و عصبی در ترانسکریپتوم عضلات در حال رشد شد. نتایج این بررسی می‌تواند اطلاعات تکمیلی از تاثیر قابل‌توجه ژن‌ها بر تشکیل بافت عضله و چربی در مراحل رشد و نمو جنینی و مسیرهای درگیر در این فرآیندهای بیولوژیکی را فرآهم آورد. همچنین این ژن‌ها ممکن است شواهدی برای نشانگرهای مولکولی مرتبط با برخی صفات اقتصادی مانند وزن تولد، صفات لاشه و کیفیت گوشت در گوسفند فراهم آورد که می‌تواند در برنامه‌های اصلاحی به کار رود.

Study of differentially expressed genes, related pathways and gene networks in sheep fetal muscle tissue in thin- and fat-tailed breeds

Processes of muscle development and lipid metabolism that plays important roles during fetal growth and development stages, are different in thin and fattailed sheep breeds. Therefore, in order to have a better perception of differentially expressed genes and their pathways in ovine prenatal muscle tissue , the gene expression data from muscle tissue of two thin and fattailed breeds of sheep derived from the gene expression array experiment (Access number: GSE23563) were analyzed. The LIMMA package in R used to identify 691, 410, 404, 290 and 155 differentially expressed genes at 70, 85, 100, 120, and 135 days from gestation, respectively.Also,identification of significant gene clusters was performed for each fetal stage using Cytoscape. Finally,13 genes were recognized as differentially expressed at all 5 stages of sampling; among them, EEF1A2, ITGAM,NINL and RPL39 were confirmed as genes related to fetal weight, involved in the muscle development and lipid metabolism regulation.Also Gene Ontology and KEGG pathway analysis for differentially expressed genes by DAVID led to identification of significant processes and pathways associated with myogenesis, lipid metabolism and nervous and immune system in the developing muscle tissue transcriptome. The results of this study could provide supplementary information revealing genes with significant impact on the formation of muscle and fat tissues during fetal development and also the pathways involved in these biological processes.These genes might provide some evidence on DNA markers associated with some economic traits including birth weight,carcass and meat quality traits in sheep which can be applied in selection and breeding programs.