ارزیابی روش‌های انتخاب سنتی و ژنومیک برای انتقال و تثبیت یک ژن عمده در گوسفند بوسیله شبیه سازی

هدف از این مطالعه بررسی انتقال یک ژن عمده با روش‌های سنتی (classic)، ژنومیک (genomic)، سنتی با انتخاب به کمک ژن (gasclassic) و ژنومیک با انتخاب به کمک ژن (gasgenomic) برای بهبود صفت چندقلوزایی با استفاده از شبیه‌سازی رایانه‌ای در یک جمعیت گوسفند بود. بدین منظور صفتی با وراثت‌پذیری 0.1 شامل دو کروموزم که هر یک به طول صد سانتی مورگان بود، شبیه سازی شد. بر روی هر کروموزم 10000 snpو 100qtl به صورت تصادفی شبیه‌سازی شد. در کروموزم اول یک qtl به عنوان ژن عمده در موقعیت 25.7 سانتی مورگان شبیه‌سازی شد که 40 درصد از واریانس ژنتیکی کل را به خود اختصاص داد. اثر الل‌های مطلوب و نامطلوب برای qtl مورد نظر پس از هفت نسل به ترتیب در دو نژاد a و b تثبیت شد. به منظور انتقال الل مطلوب از نژاد a به نژاد b پنج نسل تلاقی برگشتی (bc) انجام شد و میزان پیشرفت ژنتیکی، صحت ارزیابی، فراوانی الل مطلوب و میزان همخونی برآورد گردید. پیشرفت ژنتیکی در روش gasgenomic و genomic نسبت به روش gasclassic و classic به ترتیب 26 و 62 درصد بیشتر بود. فراوانی الل مطلوب، پس از پنج نسل در روش classic، genomic، gasclassic و gasgenomic در bcها به ترتیب 0.387، 0.778، 0.965 و 0.975 بود. نتایج حاصل از این مطالعه نشان داد اگر هدف وارد کردن یک ژن عمده به نژادهای بومی باشد روش سنتی انتخاب به کمک ژن می‌توان فراوانی ژن عمده را به اندازه روش ژنومیک با انتخاب به کمک ژن افزایش دهد.

Assessment of classic and genomic selection methods for introgression and fixed a major gene to sheep using simulation

The purpose of this study was to evaluate traditional, genomic, geneassisted traditional selection and geneassisted genomic selection methods for introgression a major gene in sheep population to improve the litter size trait using computer simulation. In this regard, a trait with heritability of 0.1, including two chromosomes each with a length of 100 cM, was simulated. On chromosome 1, a single QTL as the major gene was created that accounted for 40% of the total genetic variance. This QTL was located in the position of 25.7 cM. In breed A and B, animals were selected based for favorable and unfavorable to create two breeds that has been fixed for opposite alleles. Using the gene introgression approach, the favorable allele in breed A was insert to breed B and the new population was evaluated for genetic gain, accuracy of evaluation, frequencies of favorable allele and inbreeding rate. After five backcrossing generations, genetic gain in GasGenomic and Genomic methods was 26 and 62 percent higher than GasClassic and Classic methods, respectively. The frequency of favorable allele after five generations in Classic, Genomic, GasClassic and GasClassic was 0.387, 0.778, 0.965 and 0.975, respectively. The results of this study showed that if the goal is only introgression a major gene into an indigenous breed, by using geneassisted classic selection, the frequency of a major gene can also be increased as much as obtain by the geneassisted genomic selection.