شناسایی محاسباتی فاکتورهای تنظیمی موثر در بیماری برونشیت عفونی طیور با استفاده از داده‌های rnaseq
|
|
|
|
|
|
|
|
نویسنده
|
مزدوری زهره ,قادرزاده محمد
|
|
منبع
|
تحقيقات دامپزشكي و فرآورده هاي بيولوژيك - 1396 - دوره : 30 - شماره : 2 - صفحه:50 -62
|
|
چکیده
|
بیماری برونشیت عفونی یکی از بیماری‌های ویروسی بسیار عفونی و شایع طیور می‌باشد. در این مطالعه به منظور درک بهتر شبکه تنظیمی درگیر در بیماری برونشیت عفونی، در ابتدا ژن های با بیان بالا و مشابه با استفاده از تجزیه و تحلیل داده‌های یک مطالعه rnaseq در چهار حالت متفاوت شامل مقایسه‌ی بافت طحال جوجه‌های مبتلا به برونشیت با جوجه‌های سالم با غلظت پایین سرم مانوز باند شده با لکتین در سن یک هفتگی و سه هفتگی و مقایسه‌ی بافت طحال جوجه‌های مبتلا به برونشیت با جوجه‌های سالم با غلظت بالای سرم مانوز باند شده با لکتین در سن یک هفتگی و سه هفتگی شناسایی شد. سپس توالی پروموتری این ژن‌ها جهت شناسایی فاکتورهای رونویسی کاندید درگیر در این مکانسیم استخراج شد. نتایج تجزیه و تحلیل پروموتری با استفاده از نرم‌افزار genomatix منجر به شناسایی 61 فاکتور رونویسی کاندید جدید احتمالی موثر در مراحل تنظیمی برونشیت عفونی گردید. افزون بر این، به منظور مصورسازی شبکه‌های تنظیمی شامل فاکتورهای رونوویسی که ژن‌های مورد نظر را تنظیم می‌کنند از نرم‌افزار cytoscape استفاده شد. بر اساس نتایج، 61 فاکتور رونویسی کاندید جدید معرفی شده در این مطالعه دارای پتانسیل مناسبی برای بررسی بیشتر در سطح آزمایشگاهی می‌باشند و می‌توانند اطلاعات جدیدی را در درک بهتر شبکه‌ی تنظیمی موثر در بیمار برونشیت عفونی طیور فراهم کنند.
|
|
کلیدواژه
|
شبکه تنظیمی، پروموتر، فاکتورهای رونویسی، بیان ژن
|
|
آدرس
|
دانشگاه تهران, گروه علوم دام و طیور, ایران, دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی ساری, دانشکده علوم دامی و شیلات, ایران
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|