پیش‌بینی میکرو rna‌های موثر بر مسیر گیرنده‌های فعال کننده تکثیر پراکسیزوم (ppars) در مرغ گوشتی

کاهش چربی محوطه شکمی از اهداف مهم اصلاح نژاد طیور گوشتی است. مسیر گیرنده‌های فعال کننده تکثیر پراکسیزوم (ppars) نقش مهمی در تجمع چربی ایفا می‌کند. این مسیر شامل گروهی از پروتئین‌های گیرنده هسته‌ای هستند که نقش اساسی در تکثیر، تمایز سلولی و متابولیسم دارند. بنابراین، شناسایی هر چه بهتر ژن‌های دخیل بر این مسیر اهمیت دارد. این تحقیق به منظور پیش‌بینی میکرو rna های موثر بر مسیر گیرنده‌های فعال‌کننده تکثیر پراکسیزوم با هدف کاهش تجمع چربی در مرغ گوشتی انجام شد. پس از دریافت فایل ژنوم رفرنس مرغ (grcg6a) از پایگاه داده ensemble و وارد نمودن آن در پایگاه اطلاعاتی kegg، تعداد 68 ژن دخیل در مسیر سیگنالینگ ppar شناسایی شد. سپس شبکه ژنی با استفاده از پایگاه داده استرینگ ترسیم شد. علاوه بر این، تجزیه و تحلیل شبکه برهمکنش پروتئینی با استفاده از نرم‌افزار سایتواسکیپ انجام گردید. بر اساس شاخص‌های مرکزیت (شامل مرکزیت درجه، بینابینی و نزدیکی) ارائه شده توسط نرم‌فزار سایتواسکیپ ژن‌های acox1، ppara ،lpl،fabp3 ،cpt1a ،ehhadh ، scd و ppargc1 به عنوان تاثیرگذار‌ترین ژن‌های مسیر سیگنالینگ ppar انتخاب گردیدند و با استفاده از پایگاه‌های داده mirbase و targetscan، میکرو rna های متناظر با این ژنها شناسایی شدند. در نهایت، پیش بینی ژن هدف و رسم شبکه میانکنش پروتئین میکروrna‌ توسط پایگاه داده mirnet انجام شد. نتایج نشان داد میکرو rna ی ggamir17593p بر سه ژن cpt1a، lpl و ppargc1a تاثیرگذار است. شاید با بکارگیری این میکرو rna بتوان میزان تجمع چربی را در طیور گوشتی کاهش داد.

Prediction of microRNAs affecting genes involved in Peroxisome proliferator-activated receptors (PPARs) signaling pathway in broilers

Chicken is one of the most important sources of meat in human societies. One of the important goals of broiler breeding is to reduce the accumulation of fat in broilers. The pathways of peroxisome proliferative activating receptors (PPARs signal pathway) play an important role in fat accumulation. This pathway includes a group of nuclear receptor proteins that play a key role in proliferation, cell differentiation, and metabolism (carbohydrates, lipids, proteins). Therefore, it is important to identify the genes involved in this pathway. This study was performed to predict the microRNAs affecting the peroxisome proliferator receptors (PPARs) with the aim of reducing fat accumulation in broilers. Analysis of the chicken genome reference file in the KEGG database led to the identification of 68 genes involved in the signaling pathway (PPAR). Then, the gene network is drawn by using a STRING network. In addition, protein interaction network analysis was performed using Cytoscape software. Eight genes ACOX1, PPARA, LPL, FABP3, CPT1A, EHHADH, SCD, and PPARGC1 were selected as the most influential genes of the PPAR signaling pathway based on centrality indices (including degree centrality, betweenness centrality, closeness centrality) provided by Cytoscape software. Also, the microRNAs corresponding to these genes was identified using databases: MIRdb and Targetscan. Finally, the MirNet network was utilized for the prediction of target genes and drawing a proteinmicroRNA interaction network. The results showed that ggamir17593p affects three genes CPT1A, LPL, and PPARGC1A. Perhaps using this microRNA can reduce the accumulation of fat in broiler.