تعیین توالی نوکلئوتیدی ژن f سویه واکسینالclone ir 12 ویروس نیوکاسل موسسه رازی

ویروس نیوکاسل یکی از مهم‌ترین ویروس‌های صنعت طیور می‌باشد. این ویروس با توجه به حدت سویه‌های مختلف، علائم کلینیکی و تلفات متفاوتی دارد. پروتئین فیوژن یکی از پروتئین‌های مهم این ویروس، نقش مهمی در تعیین حدت ویروس دارد. در این مطالعه توالی ژنومی این پروتئین تعیین توالی گردیده است. بدین منظور واکسن کلون ir .12، که از سویه ویروس لاسوتا به روش پلاک اسی در موسسه رازی تهیه شده بود، انتخاب گردید. ابتدا ویروس با رقت مناسب به حفره آلانتوئیک تخم مرغ spf دارای جنین ده روزه تزریق شد. و پس از طی زمان مناسب برای رشد ویروس، مایع آلانتوئیک آن جمع‌آوری شد. ویروس با استفاده ازسانتریفوژ دور بالاو گرادیانت ساکارز به صورت مناسب تخلیص شد. rna ویروس استخراج، و قطعه cdna از روی ژنوم ساخته شد. پرایمرهای مناسب طراحی شد و  pcr انجام گرفت. محصول pcr استخراج گردید. محصول استخراج در پلاسمید مناسب کلون شد. محصول کلون شده به باکتری ترانسفورم شد. باکتری حاوی پلاسمید در دمای مناسب تکثیر پیدا کرد.پلاسمید به روش sambrook استخراج گردید. برای اطمینان از کلونینگ موفق آنزیم برشی bglii استفاده شد. پس از این مرحله پلاسمید برای تعیین توالی به روش سنگر آماده شد. نتایج با استفاده از نرم‌افزار مگا 5 توالی ژنومی تحلیل و همردیف سازی انجام گرفت  شد.در نتیجه این مطالعه توالی ژن fبه صورت کامل تعیین توالی، و با سویه های لنتوژنیک موجود در بانک ژن مقایسه و بررسی شد. در نتیجه آن توالی ژنومی در این مطالعه با برخی توالی‌های بانک ژن به طور کامل همردیف هستند و با برخی توالی‌های دیگر در برخی نوکلئوتید‌ها متفاوت می‌باشد.

Sequencing of the F gene of Razi Institute’s vaccinal NDV strain Clone IR 12

Newcastle disease virus is an important virus in poultry industry. Use of killed or attenuated vaccine against the disease elevates immunological protection. The F gene is a major determinant in virulence of the virus. Therefore, in this study we aimed to sequence the F gene of Razi LaSotaderived and plaquepurified NDV strain IR12 and analyze it. The virus was inoculated into 10dayold SPF embryonated chicken eggs and then the allantoic fluid was subjected to sucrose gradient purification using ultra centrifuge. The purified virus band was then subjected to RNA extraction and cDNA synthesis using gene specific primers. PCR was run using specific primers to amplify the F gene and then the band was gel extracted and cloned to pJet1.2 plasmids in a 3 to 1 ratio and transformed to a suitable competent cell. The extracted plasmid was then digested with BglII restriction enzyme to confirm the presence of the insert and then the plasmid was Sanger se As a result, the gene sequence F was completely sequenced and compared with the lentogenic strains found in the gene bank.quenced. The sequence was then assembled using MEGA6, the cleavagesite sequence of 112GRQGRL117 was obtained and then the phylogenetic tree was drawn. As a result, the gene sequence F was completely sequenced and compared with the lentogenic strains found in the gene bank.