استفاده از آنالیز به روش (single nucleotide polymorphism (snp به عنوان یک راهبرد بررسی ژنتیکی در مطالعات پاراتوبرکولوزیس در ایران

ژنوتایپینگ مایکوباکتریوم ایویوم زیرگونه پاراتوبرکولوزیس (map) حتی با وجود دسترسی به تکنیک‌های مولکولی متعارفی نظیر pfge, rflp, ssr and miruvntr همچنان به عنوان یک چالش محسوب می‌گردد بدان سبب که این باکتری از نظر ژنتیکی بسیار یکنواخت و همگن می‌باشد. به نظر می‌رسد که در شرایط امروزی پاراتوبرکولوزیس در سراسر ایران انتشار یافته است چرا که گزارشات مربوط به وقوع بیماری در گله‌های گاو گوسفند و بز بصورت فزاینده در هر سال انتشار می‌یابند. میزان اطلاعات موجود از ساختار جمعیت این باکتری در ایران محدود می‌باشد. یافته‌های موجود حاکی از فعالیت جدایه‌های متعلق به تیپ معروف به گاوی می‌باشند و این در حالی است که تاکنون نشانه‌ای از وجود تیپ گوسفندی در ایران یافت نشده است. در این تحقیق یک سیستم ژنوتایپینگ (single nucleotide polymorphism (snp متشکل از 13 لوکوس و با اتکا به pcr بر روی یک جدایه بومی map اجرا گردید. آزمون به گونه‌ای انجام گردید که از یک پروتکل واحد pcr برای همه لوکوس‌ها استفاده شد. محصولات تکثیر dna به روش sanger تعیین توالی شدند. نوکلئوتیدهای هدف تعیین و شناسایی گردیدند. این نوکلئوتیدها بطور کامل با نوکلئوتیدهای هم ارز در ژنوم سویه آزمایشگاهی map k10 مطابقت داشتند و هویت جدایه ایرانی را به عنوان جدایه تیپ گاوی نشان دادند. ما معتقدیم اگر روش snp معرفی شده توسط leao در مقیاس گسترده در ایران بکار گرفته شود امکان دستیابی به دانش جامع‌تر از اتفاقات و جریانات تکاملی که وقوع آنها وضعیت اپیدمیولوژیک امروز پاراتوبرکولوزیس در ایران را شکل داده‌اند، فراهم گردید.

Single nucleotide polymorphism (SNP) analysis, a practical means of genomic interrogation for paratuberculosis studies in Iran

Genotyping of Mycobacterium avium subspecies paratuberculosis (MAP) remains a challenge in epidemiology of paratuberculosis even with availability of the traidional molecular techinques such as PFGE, RFLP, SSR and MIRUVNTR assays as MAPs are genetically monomorphic bacteria. In the Iranian environment MAP seems to have extensively scatterd across the country as reports indicating frequent occurrence of the disease in bovine, caprine and ovine populations are now on rise. However, only little is known on population structure of MAP in this country. The few conducted observations are in support of existence of cattle (C) type of MAP with no trace of sheep (S) type isolates ever found. In this work, a recentlydeveloped PCRbased Single Nucleotide Polymorphism (SNP) assay concentrating on 13 individual loci across the MAP genome was conducted on a single endogenous Iranian MAP isolate of caprine origin. PCRs were conducted using universal protocol with all amplicons Sanger sequenced in search for target SNPs. An identical pattern of SNPs with that of the MAP K10 laboratory strain was revealed to confirm the identity of this local strain as a cattle type. The Leao’s SNP analysis is a simple, straightforward assay that if used extensively, we might expect a better understanding of evolutionary scenario behind todays’ epidemiology of paratuberculosis in Iran.