|
|
|
|
آنالیز فیلوژنتیک جدایه‌های کاپری پاکس ایران طی سال‌های 1392-1395
|
|
|
|
|
|
|
|
نویسنده
|
کریم پور صومعه دل ارزو ,ورشویی حمیدرضا ,آقایی پور خسرو ,هدایتی زینب ,آقاابراهیمیان محمد
|
|
منبع
|
تحقيقات دامپزشكي و فرآورده هاي بيولوژيك - 1398 - شماره : 122 - صفحه:2 -16
|
|
چکیده
|
جنس کاپری پاکس ویروس ازخانواده پاکس ویریده شامل سه ویروس آبله گوسفند (spv)، آبله بز (gpv) و لامپی اسکین (lsdv) می‌باشد که خسارات اقتصادی مهمی به دامداری در مناطق اندمیک وارد کرده‌اند. از انجایی که کاپری پاکس ویروس‌ها از لحاظ مورفولوژی و آنتی ژنیکی مشابه هستند، تفریق این ویروس‌ها بر استفاده از روش‌های مولکولی متکی است. هدف از این مطالعه تشخیص مولکولی کاپری پاکس ویروس‌های ایران براساس آنالیز سکانس ژن همولوگ گیرنده کموکاین می‌باشد. به این منظور، 16 ایزوله کاپری پاکس شامل 10 ایزوله spv، 4 ایزوله gpv و 2 ایزوله lsdv از نقاط مختلف ایران که در سال‌های 1395-1392 جداسازی شده‌اند مورد استفاده قرار گرفت. ژن ckr جدایه‌ها با روش pcr تکثیر شد و در وکتور ptz57r/t کلون گردید. آن‌ها در مقایسه با نمونه‌های capv موجود در بانک داده‌ها توالی‌یابی شده و آنالیز گردیدند. آنالیز توالی و فیلوژنتیک نشان می‌دهد که، spvهای ایران با بیش از 99 درصد تشابه با دیگر spv های موجود در بانک ژن در یک دسته قرار می گیرند به استثناء spv عمان. ایزوله‌های gpv ایران با 99-98 درصد تشابه با دیگر ایزوله‌های موجود در بانک ژن در یک دسته قرار می‌گیرند و به علاوه، با ایزوله‌های gpv هند و بنگلادش پروفایل ژنی مشابهی را نشان می‌دهند. ایزوله‌های lsdv ایران 100-99 درصد مشابه دیگر ایزوله‌های lsdv بانک ژن و در یک دسته قرار گرفته‌اند. به طور قطع، براساس آنالیز سکانس ژن ckr ایزوله‌های spv، gpv و lsd ایران کاملا متفاوت هستند.
|
|
کلیدواژه
|
آبله گوسفند، آبله بز، لامپی اسکین، ژن همولوگ گیرنده کموکاین، آنالیز توالی
|
|
آدرس
|
سازمان تحقیقات، آموزش و ترویج کشاورزی, موسسه تحقیقات واکسن و سرم سازی رازی, ایران, سازمان تحقیقات، آموزش و ترویج کشاورزی, موسسه تحقیقات واکسن و سرم سازی رازی, ایران, سازمان تحقیقات، آموزش و ترویج کشاورزی, موسسه تحقیقات واکسن و سرم سازی رازی, ایران, سازمان تحقیقات، آموزش و ترویج کشاورزی, موسسه تحقیقات واکسن و سرم سازی رازی, ایران, سازمان تحقیقات، آموزش و ترویج کشاورزی, موسسه تحقیقات واکسن و سرم سازی رازی, ایران
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
Phylogenetic analysis of Iran capripoxvirus isolates during 20132016
|
|
|
|
|
Authors
|
karimpour somedel arezoo ,Varshoiee Hamidreza ,AGHAIYPOUR KHOSROW ,hedayati zeinab ,aghaebrahimian mohammad
|
|
Abstract
|
Capripoxvirus (CaPV) genus of Poxviridae family comprises three closely related viruses, namely sheeppox virus (SPV), goatpox virus (GPV) and lumpy skin disease virus (LSDV) causing sheeppox and goatpox and lumpy skin disease of cattle, respectively, with significant economic impact on livestock in endemic areas. Sheeppox and goatpox are endemic for many past years, and Lumpy skin disease emergently occurred in recent years in Iran. Since capripoxviruses are morphologically and antigenically identical discrimination of them relies exclusively on the use of molecular tools. The aim of this study is the molecular characterization of Iran capripoxviruses based on sequence analysis of the chemokine receptor (CKR) homologue gene. For this purpose, 16 capripoxvirus isolates consist of 10 SPV, 4 GPV and 2 LSDV isolates from different parts of Iran during 20132016 were used. CKR genes of isolates were amplified by PCR and cloned to pTZ57R/T vector. They were sequenced and analyzed by comparing to those of CaPVs available in the Genbank. Sequence and phylogenetic analysis showed that Iran SPV isolates with more than 99% identity were grouped on the same SPV clade retrieved from Genbank, except for Oman SPV. Iran GPV isolates with 9899% identity were clustered with those of other countries and furthermore, with India and Bangladesh GPV isolates showed the same genetic profile. Iran LSDV isolates were 99100% identical with other LSDs in the same clade. Conclusively, Iran SPV, GPV, and LSDV isolates are quite different based on sequence analysis of the CKR gene.
|
|
Keywords
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|